TkA03G601430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G601430

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 152730111-152734625 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2251 bp · TkA03G601430|TK1151|cDNA

GCGCTATACAGAGCATGTATAGAGTCCCCATATATATAAGTAGAGAAGTCAGATGGAGCGTTTGAATAGAGAGATCTTTAATCACTCCACCACTCCTATTTGACATATTAGATAATATTCAGTAGACTTCTCCGCCACCACTCTCCGTCCGCGTTTAAGCTCAACCCGCCGGAAAGCCGATAGTGTTTCTAGGAAACATGTTCAGAACAGCATGAGCAACCAATATCGATCATCATGTCATTATCGTGCTCTGACTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA03G601430|TK1151|CDS

ATGTCATTATCGTGCTCTGACTGCTTCTCCGACTTACTCTGCGGTGAGGACTCCGGAATATTATCCGGCGAGGATCAACCGGAGTGCTCTAACGATTACGAGTATTGTGCCGATTTCGACGATTCAATCGCGGAGTTTATAGAACAGGAGAGAAAGTTCGTTCCAGGAATCGATTACGTCGAGAGATTTCAATCTCAAGTTCTCGATGCATCTGCTAGAGAAGAATCTGTTGCATGGATCCTCAAGGTGCAACGTTTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

326 aa · TkA03G601430|TK1151|PROTEIN

MSLSCSDCFSDLLCGEDSGILSGEDQPECSNDYEYCADFDDSIAEFIEQERKFVPGIDYVERFQSQVLDASAREESVAWILKVQRFYGFQPLTAYLAVNYLDRFIYCRGFPVPNGWPLQLLSVACLSLAAKMEEPLVPSILDLQIEGAKYIFEPRTIRRMEFLVLGVLDWRLRSVTPFSFIGFFAHKIDPTGTYAGFLISRATQIILSNIQEASLLEYWPSCIAAATILCAASDLSNFSLINAEHAESWCDGLSKEKIIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G601430`
TK1151 ID	TkA03G601430
OH-1004 ID	LXL04_011554
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G601430

位置 Chr03:152730111-152734625 (+)

描述 Similar to CYCD1-1: Cyclin-D1-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70210`	可能激活根分生组织 (RAM) 的细胞周期，并促进胚根（胚轴根）伸出。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0382300`	细胞周期蛋白D2-1。	暂无已核实直接文献
`Os08g0421100`	细胞周期蛋白D1-2。	暂无已核实直接文献
`Os06g0236600`	细胞周期蛋白D1-1。	暂无已核实直接文献
`Os07g0620800`	细胞周期蛋白D2-2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011554 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016538 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70210

ath:AT5G65420

dosa:Os09g0382300

osa:9271619

osa:9272445

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.962

排名 1 · TkA03G601430 · TK1151

细胞质0.097

排名 2 · TkA03G601430 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G601430 · TK1151

质体0.015

排名 4 · TkA03G601430 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA03G601430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06221zf-C2HC54-17 aa

PF00134Cyclin_N43-173 aa

PF31065DUF879865-103 aa

PF31065DUF8798141-193 aa

PF02984Cyclin_C175-269 aa

PF31065DUF8798196-220 aa

PF06221zf-C2HC5214-235 aa

PF10500SR-25272-311 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G601430	`PF06221`	zf-C2HC5	4	17	0.39	11.5
TkA03G601430	`PF00134`	Cyclin_N	43	173	6e-27	94.6
TkA03G601430	`PF31065`	DUF8798	65	103	0.04	14.9
TkA03G601430	`PF31065`	DUF8798	141	193	0.04	14.9
TkA03G601430	`PF02984`	Cyclin_C	175	269	1.4e-09	38.7
TkA03G601430	`PF31065`	DUF8798	196	220	0.04	14.9
TkA03G601430	`PF06221`	zf-C2HC5	214	235	0.39	11.5
TkA03G601430	`PF10500`	SR-25	272	311	0.12	12.7
TkA03G601430	`PF12752`	SUZ	276	306	1.6	10.3
TkA03G601430	`PF28369`	RP9_C	291	311	8.9	7.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42751`	拟南芥	sp\|P42751\|CCD11_ARATH Cyclin-D1-1	60.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0J233`	水稻	sp\|Q0J233\|CCD21_ORYSJ Cyclin-D2-1	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8H339`	水稻	sp\|Q8H339\|CCD12_ORYSJ Cyclin-D1-2	54.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q67V81`	水稻	sp\|Q67V81\|CCD11_ORYSJ Cyclin-D1-1	50.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LHA8`	水稻	sp\|Q8LHA8\|CCD22_ORYSJ Cyclin-D2-2	40.800%	Swiss-Prot	中等置信

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