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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G586870
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 149132392-149132886 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

495 bp · TkA03G586870|TK1151|cDNA

ATGGGTTTCTATATGGGTTTCAGAGAAACGGGGATGTCCAAATACATTCTATACATATTTTCTCTTCTATGTTCTATTCAAAATATCATTCTATCTGTACTTCACTTGATCCGTATCACTCATGTAGTCGAATCCCACCATCCCAATCATAAGAAACCATCCAAAAACCCGCCCCTTTCAGCAGTGCTGACACGTGAATTTCTTGCGGTCACAAACTTTGTGGACATTCAGAAGAAAGATTTAGCTACCAGTTGTGCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · TkA03G586870|TK1151|CDS

ATGGGTTTCTATATGGGTTTCAGAGAAACGGGGATGTCCAAATACATTCTATACATATTTTCTCTTCTATGTTCTATTCAAAATATCATTCTATCTGTACTTCACTTGATCCGTATCACTCATGTAGTCGAATCCCACCATCCCAATCATAAGAAACCATCCAAAAACCCGCCCCTTTCAGCAGTGCTGACACGTGAATTTCTTGCGGTCACAAACTTTGTGGACATTCAGAAGAAAGATTTAGCTACCAGTTGTGCAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

164 aa · TkA03G586870|TK1151|PROTEIN

MGFYMGFRETGMSKYILYIFSLLCSIQNIILSVLHLIRITHVVESHHPNHKKPSKNPPLSAVLTREFLAVTNFVDIQKKDLATSCAVCLNDFVEDDKIRCLKNCTHIFHECCLDSWMNQVKDTCPICRSPILPVECQDEYIKRLRDVATDLHDFHDEVLLIHEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G586870
TK1151 IDTkA03G586870
OH-1004 IDLXL04_011424
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.293 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G586870
位置Chr03:149132392-149132886 (+)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At1g72200 RING-H2指蛋白ATL11。 暂无已核实直接文献
At1g22500 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。 暂无已核实直接文献
At4g09100 RING-H2 指蛋白 ATL39。 暂无已核实直接文献
At1g04360 RING-H2 指蛋白 ATL1。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011424 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程
GO:0032418 lysosome localization 生物过程
GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程
GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程
GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程
GO:0051640 organelle localization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G61460
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
hsa:26001
mmu:70510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.286
排名 1 · TkA03G586870 · TK1151
细胞质0.269
排名 2 · TkA03G586870 · TK1151
溶酶体／液泡0.234
排名 3 · TkA03G586870 · TK1151
细胞膜0.197
排名 4 · TkA03G586870 · TK1151
细胞核0.180
排名 5 · TkA03G586870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369Zn_ribbon_1972-94 aa
PF17120zf-RING_1682-125 aa
PF13920zf-C3HC4_383-131 aa
PF13639zf-RING_284-128 aa
PF12678zf-rbx184-128 aa
PF23555zf-RING_Vps4184-127 aa
PF17123zf-RING_1185-113 aa
PF14634zf-RING_585-128 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G586870PF14369Zn_ribbon_1972940.03415.0
TkA03G586870PF17120zf-RING_16821250.004917.2
TkA03G586870PF13920zf-C3HC4_3831310.0116.3
TkA03G586870PF13639zf-RING_2841285.1e-1143.4
TkA03G586870PF12678zf-rbx1841282.2e-0628.5
TkA03G586870PF23555zf-RING_Vps41841270.07913.3
TkA03G586870PF17123zf-RING_11851138.4e-0626.1
TkA03G586870PF14634zf-RING_5851283e-0524.6
TkA03G586870PF00097zf-C3HC4851270.0004820.6
TkA03G586870PF13923zf-C3HC4_2851270.001718.8
TkA03G586870PF13445zf-RING_UBOX851250.00218.8
TkA03G586870PF14447Prok-RING_4851310.7610.4
TkA03G586870PF23004PHDvar_NSD851281.99.2
TkA03G586870PF14570zf-RING_4851302.58.7
TkA03G586870PF12906RINGv851278.27.4
TkA03G586870PF12861zf-ANAPC11921291.9e-0525.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 137.800%Swiss-Prot中等置信
Q84W40拟南芥sp|Q84W40|ATL11_ARATH RING-H2 finger protein ATL1143.400%Swiss-Prot低置信
Q9SK92拟南芥sp|Q9SK92|ATL15_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL1543.400%Swiss-Prot低置信
Q9M0R7拟南芥sp|Q9M0R7|ATL39_ARATH RING-H2 finger protein ATL3929.700%Swiss-Prot低置信
P93823拟南芥sp|P93823|ATL1_ARATH RING-H2 finger protein ATL148.900%Swiss-Prot低置信

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