TkA03G582750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G582750

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 148006859-148013585 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3375 bp · TkA03G582750|TK1151|cDNA

AAAATTTAGAACTCAAAACAGTTTACAGAGATTAACTAGCGGAAAGCAGTTGGAGTAGAGGAAAACATGGTTTATGCGTATACACTAAACCTTTACTAAAAAACAATCCCCTTCGTCAGATTCCCTCCCGCTTTCTCTCTCTTAACTTCAATTTTAGTTTCCGGCAACACCAAGAAAATTCAGATTGCCGGATTCTAACCCACAAGAGAATTTGCTGTTCTTGCTGCTTATCATCATGGATGATGATGTAGTGCACCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2868 bp · TkA03G582750|TK1151|CDS

ATGGATGATGATGTAGTGCACCGAGTTTTACAAGAAGGTGGCCGAGATTACTACCAACAAACCCCCTCTACTTCCTCATCGTCTCCGTCTATTCTTCAATCTCTTCCCCTTCATGCGTCTTTTGATCGTGGGTATTACTTGTTGGTGAAATCAATACAAGAACTTAGATCAAAAAAAGAGGGCATTGTAGCTGTTGGCATTGGTGGTCCTAGTGGATCCGGTAAATCAAGCTTGGCAGAAAAAGTGGCATCAGTCATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

955 aa · TkA03G582750|TK1151|PROTEIN

MDDDVVHRVLQEGGRDYYQQTPSTSSSSPSILQSLPLHASFDRGYYLLVKSIQELRSKKEGIVAVGIGGPSGSGKSSLAEKVASVIGCSVISMENYRTGADEGNDLNLIDFDLLVQNLQDLLKGNDILTPVFDFQTKRRTGTKEIKSTSFGVVIVDGTYALHARLRSLLDIRVAVVGGVHFSLLSKVQYDIGESCSLDNLIDSIFPLFRKHIEPDLHHAQIRINNSFGQSFRDSIYKLKCKSESESGQPAYSFPKKEAQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G582750`
TK1151 ID	TkA03G582750
OH-1004 ID	LXL04_011340
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.277 / OH-1004 95.576 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G582750

位置 Chr03:148006859-148013585 (+)

描述 Similar to udkC: Uridine-cytidine kinase C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73980`	具有焦磷酸酶活性，对焦磷酸盐的亲和力较强，对 ATP 和 ADP 的亲和力中等，对三聚磷酸盐的亲和力较弱。	暂无已核实直接文献
`At1g26190`	具有焦磷酸酶活性，对焦磷酸盐的亲和力较强，对 ATP 和 ADP 的亲和力中等，对三聚磷酸盐的亲和力较弱。	Arabidopsis triphosphate tunnel metalloenzyme2 is a negative regulator of the salicylic acid-mediated feedback amplification loop for defense responses.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.248757 Triphosphate Tunnel Metalloenzyme Function in Senescence Highlights a Biological Diversification of This Protein Superfamily.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00700

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011340 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance 生物过程

GO:0044206 UMP salvage 生物过程

GO:0044211 CTP salvage 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1900055 regulation of leaf senescence 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902289 negative regulation of defense response to oomycetes 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26190

ath:AT1G73980

ddi:DDB_G0283371

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.351

排名 1 · TkA03G582750 · TK1151

质体0.271

排名 2 · TkA03G582750 · TK1151

细胞核0.220

排名 3 · TkA03G582750 · TK1151

线粒体0.121

排名 4 · TkA03G582750 · TK1151

细胞膜0.093

排名 5 · TkA03G582750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07693KAP_NTPase48-84 aa

PF25199nSTAND_NTPase549-77 aa

PF03193RsgA_GTPase51-85 aa

PF00931NB-ARC52-83 aa

PF13555AAA_2953-79 aa

PF02456Adeno_IVa255-83 aa

PF03215Rad1756-95 aa

PF20703nSTAND157-79 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G582750	`PF07693`	KAP_NTPase	48	84	0.049	13.5
TkA03G582750	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	49	77	0.073	13.6
TkA03G582750	`PF03193`	RsgA_GTPase	51	85	0.058	13.9
TkA03G582750	`PF00931`	NB-ARC	52	83	6.9e-05	23.2
TkA03G582750	`PF13555`	AAA_29	53	79	0.0083	16.6
TkA03G582750	`PF02456`	Adeno_IVa2	55	83	0.56	9.7
TkA03G582750	`PF03215`	Rad17	56	95	0.0073	17.0
TkA03G582750	`PF20703`	nSTAND1	57	79	0.03	14.7
TkA03G582750	`PF06414`	Zeta_toxin	63	86	0.00068	19.8
TkA03G582750	`PF13191`	AAA_16	64	84	4.7e-06	27.9
TkA03G582750	`PF01121`	CoaE	64	92	0.041	14.3
TkA03G582750	`PF02492`	cobW	64	83	0.048	14.0
TkA03G582750	`PF02367`	TsaE	64	88	0.1	13.3
TkA03G582750	`PF00485`	PRK	65	223	6.3e-30	105.2
TkA03G582750	`PF13238`	AAA_18	65	134	2.4e-07	32.0
TkA03G582750	`PF00005`	ABC_tran	65	82	0.0028	19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9B9`	拟南芥	sp\|Q9C9B9\|TTM1_ARATH Inorganic pyrophosphatase TTM1	31.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C664`	拟南芥	sp\|Q9C664\|TTM2_ARATH Inorganic pyrophosphatase TTM2	33.600%	Swiss-Prot	中等置信

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