TkA03G582010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G582010

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 147757643-147759253 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · TkA03G582010|TK1151|cDNA

ATGGCGTTCTCGCAAATTCTCAAGCGTTCAACAAGAACACCCGAGACTTTCCGCTCTTCAGTTCATTCGTCATCATCATCCCCATCAATCACCGTTAGACTTCATATTCATCCCAGAAGTTTCTGCAACAAAATCATCGATAACGCAGATGCATATAGCCCCCAAGTCATCACCGACGCAGAAAAACTCTGCAAAATGATCTCAACTCATCGTGATACATCACAACTAGACTCATTGTTGAACTCCACTGAAATTGAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1530 bp · TkA03G582010|TK1151|CDS

ATGGCGTTCTCGCAAATTCTCAAGCGTTCAACAAGAACACCCGAGACTTTCCGCTCTTCAGTTCATTCGTCATCATCATCCCCATCAATCACCGTTAGACTTCATATTCATCCCAGAAGTTTCTGCAACAAAATCATCGATAACGCAGATGCATATAGCCCCCAAGTCATCACCGACGCAGAAAAACTCTGCAAAATGATCTCAACTCATCGTGATACATCACAACTAGACTCATTGTTGAACTCCACTGAAATTGAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

509 aa · TkA03G582010|TK1151|PROTEIN

MAFSQILKRSTRTPETFRSSVHSSSSSPSITVRLHIHPRSFCNKIIDNADAYSPQVITDAEKLCKMISTHRDTSQLDSLLNSTEIELSPALVVEVLKKLSNAGVFALFFFRWTEKQNGFKHTSDSYDALIEALGKIKQFKVIWTLVNDMKIKGILGKSTFALISRRYARAKKVKEAVEAFERMEKFGFKPELHDYNRFLDTLCKSRQVESAQQVFDKMKKTKFKPDIKSYTILLEGWGQEMNLLKLDEVYREMKAEEFEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G582010`
TK1151 ID	TkA03G582010
OH-1004 ID	LXL04_011322
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.595 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G582010

位置 Chr03:147757643-147759253 (-)

描述 Similar to At1g71060: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71060`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g77360`	含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g22670`	含五节重复序列蛋白At3g22670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g80550`	含有五三肽重复的蛋白 At1g80550，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011322 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71060

ath:AT1G77360

ath:AT3G49730

ath:AT3G62470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834

排名 1 · TkA03G582010 · TK1151

质体0.105

排名 2 · TkA03G582010 · TK1151

细胞核0.058

排名 3 · TkA03G582010 · TK1151

细胞质0.033

排名 4 · TkA03G582010 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA03G582010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N47-180 aa

PF13762MNE162-132 aa

PF20503DUF673064-84 aa

PF04820Trp_halogenase108-229 aa

PF13812PPR_3115-135 aa

PF23276TPR_24116-154 aa

PF06239ECSIT_N116-169 aa

PF28774DUF8457119-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G582010	`PF29070`	MSC6_N	47	180	3e-27	96.4
TkA03G582010	`PF13762`	MNE1	62	132	0.00018	22.2
TkA03G582010	`PF20503`	DUF6730	64	84	0.23	13.0
TkA03G582010	`PF04820`	Trp_halogenase	108	229	0.37	10.3
TkA03G582010	`PF13812`	PPR_3	115	135	1.2e-40	138.1
TkA03G582010	`PF23276`	TPR_24	116	154	2.8e-25	89.5
TkA03G582010	`PF06239`	ECSIT_N	116	169	0.0006	19.9
TkA03G582010	`PF28774`	DUF8457	119	147	0.0075	17.3
TkA03G582010	`PF24760`	TPR_IF140_C	122	150	2e-06	28.9
TkA03G582010	`PF13041`	PPR_2	125	154	2.5e-66	220.3
TkA03G582010	`PF01535`	PPR	125	154	4.8e-49	161.9
TkA03G582010	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	127	145	0.0023	18.8
TkA03G582010	`PF13762`	MNE1	142	207	0.00018	22.2
TkA03G582010	`PF13812`	PPR_3	145	201	1.2e-40	138.1
TkA03G582010	`PF17177`	PPR_long	146	235	1.4e-28	100.5
TkA03G582010	`PF24760`	TPR_IF140_C	159	184	2e-06	28.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9A2`	拟南芥	sp\|Q9C9A2\|PP112_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial	77.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FVX2`	拟南芥	sp\|Q9FVX2\|PP129_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial	37.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LUJ4`	拟南芥	sp\|Q9LUJ4\|PP248_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670, mitochondrial	32.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M8M3`	拟南芥	sp\|Q9M8M3\|PP136_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550, mitochondrial	34.200%	Swiss-Prot	低置信

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