TkA03G561230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561230

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142368591-142371862 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2108 bp · TkA03G561230|TK1151|cDNA

TAGTTACATAGTACAAACTAAAACCCCAAAGGTAGGTAGGTCAAAACTGGAAAATGTTGTTAAACCCTTTTTGCCTCTCTAAATTGAATTGAATTGAATTGAATTGAATGAATGAAGGGGACGAGAGTTCTTCTTAAATCTATTAACAGAAACCGAAGCTTCAGCAGCCGAACAACTCACTCTCAGTCGCAGATTCTGCAAATGGACCAATCTGAGCGTTACTCCTACAACCCGACGCTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · TkA03G561230|TK1151|CDS

ATGAAGGGGACGAGAGTTCTTCTTAAATCTATTAACAGAAACCGAAGCTTCAGCAGCCGAACAACTCACTCTCAGTCGCAGATTCTGCAAATGGACCAATCTGAGCGTTACTCCTACAACCCGACGCTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGAAGAGTATTTCAGCAAAGCTTATGGAGCTGAAGCTTTTTCTCGCATTTGCAAAGCTCTAACGCGACCTTCTTGTTACTCTTGTATTCGTGTAAATACACAGAGAACAACAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

610 aa · TkA03G561230|TK1151|PROTEIN

MKGTRVLLKSINRNRSFSSRTTHSQSQILQMDQSERYSYNPTLRWNPQVEEYFSKAYGAEAFSRICKALTRPSCYSCIRVNTQRTTTEAVIEKILEIQREKRLHDTVNNQHMNNDAEVETLSVDSSRSETSPVLKCQIPGLDYVVFVKGSGPHDIQYDYHQDTPPKEIIVSRKCAEAVLRGAQVYVPGILACSAHVEKGDVVAVSVGVEQPIRDNGWAIGITRGIVLQGLKTDPQYLERDGLYIGQGITTMSRAGIFRGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561230`
TK1151 ID	TkA03G561230
OH-1004 ID	LXL04_011027
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G561230

位置 Chr03:142368591-142371862 (+)

描述 Similar to NOP2C: rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06560`	参与核糖体大亚基组装（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011027 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0002946 tRNA C5-cytosine methylation 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006400 tRNA modification 生物过程

GO:0030488 tRNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008173 RNA methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06560

hsa:221078

mmu:74455

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.777

排名 1 · TkA03G561230 · TK1151

细胞质0.117

排名 2 · TkA03G561230 · TK1151

细胞核0.113

排名 3 · TkA03G561230 · TK1151

质体0.077

排名 4 · TkA03G561230 · TK1151

过氧化物酶体0.028

排名 5 · TkA03G561230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00967Barwin45-95 aa

PF22458RsmF-B_ferredox53-96 aa

PF01135PCMT85-112 aa

PF01189Methyltr_RsmB-F87-112 aa

PF22458RsmF-B_ferredox107-126 aa

PF01472PUA167-204 aa

PF01728FtsJ193-216 aa

PF30636Methyltransf_37295-380 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561230	`PF00967`	Barwin	45	95	0.13	13.0
TkA03G561230	`PF22458`	RsmF-B_ferredox	53	96	0.0011	19.7
TkA03G561230	`PF01135`	PCMT	85	112	0.047	14.2
TkA03G561230	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	87	112	4.6e-39	134.9
TkA03G561230	`PF22458`	RsmF-B_ferredox	107	126	0.0011	19.7
TkA03G561230	`PF01472`	PUA	167	204	1.1e-06	29.2
TkA03G561230	`PF01728`	FtsJ	193	216	9.8e-06	26.3
TkA03G561230	`PF30636`	Methyltransf_37	295	380	0.015	16.0
TkA03G561230	`PF01209`	Ubie_methyltran	295	357	0.02	15.0
TkA03G561230	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	297	365	4.6e-39	134.9
TkA03G561230	`PF01728`	FtsJ	299	551	9.8e-06	26.3
TkA03G561230	`PF01135`	PCMT	299	360	0.047	14.2
TkA03G561230	`PF13847`	Methyltransf_31	302	365	5e-05	23.8
TkA03G561230	`PF00967`	Barwin	306	315	0.13	13.0
TkA03G561230	`PF13649`	Methyltransf_25	307	365	0.023	16.1
TkA03G561230	`PF01472`	PUA	325	334	1.1e-06	29.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84MA1`	拟南芥	sp\|Q84MA1\|NOP2C_ARATH rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2C	58.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情