TkA03G558490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G558490

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 141411786-141412961 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1176 bp · TkA03G558490|TK1151|cDNA

ATGTCGTCATACGAATCACCGGTGCAAAAAACAGGGGATTCGCCGGAGAATTTAACCCCTAAATTTTACTTGGAAGATGATTTACTGGAAACAGACTCGTGTATTGATCCTCTGGTTCCTGGTCTTCCTGATGATATTGCGTTGATTTGTCTTCTCCGTCTCCCGGTCAAGTTTCATTCAGCTGGCCGGAGTGTTTGCCGGCGGTGGTATAATCTTTTTGGTGATAAAAATCGATTTTTTGCGGAAAGGAAGCTAATGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1176 bp · TkA03G558490|TK1151|CDS

ATGTCGTCATACGAATCACCGGTGCAAAAAACAGGGGATTCGCCGGAGAATTTAACCCCTAAATTTTACTTGGAAGATGATTTACTGGAAACAGACTCGTGTATTGATCCTCTGGTTCCTGGTCTTCCTGATGATATTGCGTTGATTTGTCTTCTCCGTCTCCCGGTCAAGTTTCATTCAGCTGGCCGGAGTGTTTGCCGGCGGTGGTATAATCTTTTTGGTGATAAAAATCGATTTTTTGCGGAAAGGAAGCTAATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

391 aa · TkA03G558490|TK1151|PROTEIN

MSSYESPVQKTGDSPENLTPKFYLEDDLLETDSCIDPLVPGLPDDIALICLLRLPVKFHSAGRSVCRRWYNLFGDKNRFFAERKLMGFRDPWMFVFSFHKRTGKIQWQVLDLVHLSWHTIPAMPCMDKVCPRGFRCISGSDNTSLFVCGGVTSDMDCPLNLVLKFEVKSNQWTVMKKMITPRSFFAGGVISGKVYVAGGNSGRQFDLNSAEVMDPDVGVWQPISDMGTNMACYDSAVLDGKLLVTEGWLWPFYNVPRGQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G558490`
TK1151 ID	TkA03G558490
OH-1004 ID	LXL04_010957
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.737 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G558490

位置 Chr03:141411786-141412961 (-)

描述 Similar to At1g30090: F-box/kelch-repeat protein At1g30090

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30090`	F-box/kelch重复蛋白 At1g30090。	暂无已核实直接文献
`At2g24540`	SCF（ASK- cullin-F-box）E3泛素连接酶复合体的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g67480`	F-盒/kelch重复蛋白 At1g67480。	暂无已核实直接文献
`At1g27420`	推测的F-box/kelch重复蛋白 At1g27420。	暂无已核实直接文献
`At1g55270`	F-box/kelch重复蛋白At1g55270。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010957 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22040

ath:AT1G30090

ath:AT1G55270

ath:AT1G67480

ath:AT2G24540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.493

排名 1 · TkA03G558490 · TK1151

细胞质0.391

排名 2 · TkA03G558490 · TK1151

细胞膜0.096

排名 3 · TkA03G558490 · TK1151

质体0.067

排名 4 · TkA03G558490 · TK1151

内质网0.057

排名 5 · TkA03G558490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box41-79 aa

PF12937F-box-like41-73 aa

PF25210Kelch_FKB95107-124 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7107-271 aa

PF13415Beta-prop_FBX42107-172 aa

PF01344Kelch_1109-124 aa

PF24996NANM110-225 aa

PF07646Kelch_2114-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G558490	`PF00646`	F-box	41	79	0.00017	22.1
TkA03G558490	`PF12937`	F-box-like	41	73	0.21	12.1
TkA03G558490	`PF25210`	Kelch_FKB95	107	124	1.5e-20	74.7
TkA03G558490	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	107	271	7.3e-13	49.0
TkA03G558490	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	107	172	0.00048	20.5
TkA03G558490	`PF01344`	Kelch_1	109	124	2.1e-19	69.4
TkA03G558490	`PF24996`	NANM	110	225	0.0012	18.5
TkA03G558490	`PF07646`	Kelch_2	114	124	1.2e-07	32.0
TkA03G558490	`PF04942`	CC	121	140	0.033	15.0
TkA03G558490	`PF22955`	EGF2_RECK	124	137	0.19	12.1
TkA03G558490	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	138	234	3.3e-09	36.9
TkA03G558490	`PF01344`	Kelch_1	140	178	2.1e-19	69.4
TkA03G558490	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	140	219	1.1e-06	28.9
TkA03G558490	`PF07646`	Kelch_2	142	178	1.2e-07	32.0
TkA03G558490	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	142	225	0.00048	20.5
TkA03G558490	`PF25210`	Kelch_FKB95	145	316	1.5e-20	74.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6Z0`	拟南芥	sp\|Q9C6Z0\|FBK17_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g30090	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LAW2`	拟南芥	sp\|Q8LAW2\|AFR_ARATH F-box protein AFR	35.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAG8`	拟南芥	sp\|Q9CAG8\|FBK28_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g67480	29.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FZJ3`	拟南芥	sp\|Q9FZJ3\|FBK16_ARATH Putative F-box/kelch-repeat protein At1g27420	26.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q93W93`	拟南芥	sp\|Q93W93\|FBK22_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g55270	26.300%	Swiss-Prot	低置信

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