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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G546020
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137766245-137766829 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

408 bp · TkA03G546020|TK1151|cDNA

ATGTCCACCACCATCCCTTTCCCACCACCACCGCCGCCGCCGCAGCAACTTTCCAGCGTGACGCATTACTACATAACCAACCTTGGCCTCGGTTACGCTATCGCCATCGCTTTCGGATTCCTTGTCCTCTTCTCCTCACTTCTTCTAGCTTCATACATCTGTTTCCTGATTCCTAAGGGGATTGATTCCTTGTGCGCGATCTGTTTGTGTGAGTATAGAGAAGCGGAGATGATGAGGATGTTGCCTGATTGTAAACACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

408 bp · TkA03G546020|TK1151|CDS

ATGTCCACCACCATCCCTTTCCCACCACCACCGCCGCCGCCGCAGCAACTTTCCAGCGTGACGCATTACTACATAACCAACCTTGGCCTCGGTTACGCTATCGCCATCGCTTTCGGATTCCTTGTCCTCTTCTCCTCACTTCTTCTAGCTTCATACATCTGTTTCCTGATTCCTAAGGGGATTGATTCCTTGTGCGCGATCTGTTTGTGTGAGTATAGAGAAGCGGAGATGATGAGGATGTTGCCTGATTGTAAACACTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

135 aa · TkA03G546020|TK1151|PROTEIN

MSTTIPFPPPPPPPQQLSSVTHYYITNLGLGYAIAIAFGFLVLFSSLLLASYICFLIPKGIDSLCAICLCEYREAEMMRMLPDCKHCFHLTCVDAWLKLNASCPVCRSSPLPTPLSTPLAEVVPLSQYSDGRRRR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G546020
TK1151 IDTkA03G546020
OH-1004 IDLXL04_010744
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)64.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 90.370 / OH-1004 74.274
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G546020
位置Chr03:137766245-137766829 (+)
描述Similar to ATL67: RING-H2 finger protein ATL67
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46160 RING-H2指蛋白ATL67。 暂无已核实直接文献
At3g61550 RING-H2指蛋白 ATL68。 暂无已核实直接文献
At2g35910 RING-H2 锌指蛋白 ATL70。 暂无已核实直接文献
At5g06490 推测的RING-H2指蛋白 ATL71。 暂无已核实直接文献
At5g07040 推测的 RING-H2 指蛋白 ATL69。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010744 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G35910
ath:AT2G46160
ath:AT3G61550
ath:AT5G06490
ath:AT5G07040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.319
排名 1 · TkA03G546020 · TK1151
溶酶体／液泡0.236
排名 2 · TkA03G546020 · TK1151
细胞膜0.196
排名 3 · TkA03G546020 · TK1151
细胞核0.187
排名 4 · TkA03G546020 · TK1151
细胞质0.184
排名 5 · TkA03G546020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16907Caskin-Pro-rich9-22 aa
PF11023DUF261432-95 aa
PF12678zf-rbx162-107 aa
PF13639zf-RING_264-107 aa
PF17123zf-RING_1165-93 aa
PF13923zf-C3HC4_265-106 aa
PF13445zf-RING_UBOX65-104 aa
PF14634zf-RING_565-107 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G546020PF16907Caskin-Pro-rich9220.1113.7
TkA03G546020PF11023DUF261432950.4911.3
TkA03G546020PF12678zf-rbx1621071.6e-0732.2
TkA03G546020PF13639zf-RING_2641072.4e-1247.6
TkA03G546020PF17123zf-RING_1165931.7e-0731.5
TkA03G546020PF13923zf-C3HC4_2651062.1e-0525.0
TkA03G546020PF13445zf-RING_UBOX651044.4e-0524.1
TkA03G546020PF14634zf-RING_5651070.0002421.7
TkA03G546020PF00097zf-C3HC4651060.0008619.8
TkA03G546020PF12906RINGv651062.98.8
TkA03G546020PF06221zf-C2HC5671100.02515.3
TkA03G546020PF17120zf-RING_16681050.1812.1
TkA03G546020PF12861zf-ANAPC11701080.001719.1
TkA03G546020PF14447Prok-RING_4761080.8310.3
TkA03G546020PF17123zf-RING_111031061.7e-0731.5
TkA03G546020PF13445zf-RING_UBOX1031084.4e-0524.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82353拟南芥sp|O82353|ATL67_ARATH RING-H2 finger protein ATL6741.600%Swiss-Prot中等置信
Q9M313拟南芥sp|Q9M313|ATL68_ARATH RING-H2 finger protein ATL6865.000%Swiss-Prot中等置信
Q8RX29拟南芥sp|Q8RX29|ATL70_ARATH RING-H2 finger protein ATL7068.800%Swiss-Prot低置信
Q9FG21拟南芥sp|Q9FG21|ATL71_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL7158.500%Swiss-Prot低置信
Q9FL42拟南芥sp|Q9FL42|ATL69_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL6950.000%Swiss-Prot中等置信

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