TkA03G545780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G545780

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137698560-137700386 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · TkA03G545780|TK1151|cDNA

CTGAGTTTCTCTCACTATCAAAAGTCAGCGCCTTCATTTGTCCCCTATTTCCTCTCGACATGGATGCTGATTGGGACCTTCAAGCGGTGGTCAGAGGCTGTTGCTCCGCCGTCTCCTCCTCCTCTTCCACAACCACCGCCACACCAAATTGGCCGGTAGATGCTTACAATCAACATAACCCAACTTTTCAAGGAGAAAAGTTCATGCGTTTTTCACCAGATCTATTTCAACCAAGAAATGAGAACAGTATCGACCAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkA03G545780|TK1151|CDS

ATGGATGCTGATTGGGACCTTCAAGCGGTGGTCAGAGGCTGTTGCTCCGCCGTCTCCTCCTCCTCTTCCACAACCACCGCCACACCAAATTGGCCGGTAGATGCTTACAATCAACATAACCCAACTTTTCAAGGAGAAAAGTTCATGCGTTTTTCACCAGATCTATTTCAACCAAGAAATGAGAACAGTATCGACCAGTTCTTGAATAATCTTTACGACCCCTTCAACTTTTCGAATCTACATAAACCACCTCTATCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · TkA03G545780|TK1151|PROTEIN

MDADWDLQAVVRGCCSAVSSSSSTTTATPNWPVDAYNQHNPTFQGEKFMRFSPDLFQPRNENSIDQFLNNLYDPFNFSNLHKPPLSPQSFPISPLSVLGGLPDPPYYHHQQEKQFQGKQQSLSINRCTNYHAQGTTKFKKRKNQIKKVCQVPAEGSSSDLWSWRKYGQKPIKGSPYPRGYYRCSTSKGCMARKQVERNRSDPGMLIITYTGEHSHPAPTTQRNSLTAGSSRNKPTTSSDDDSRKKPTPSSPASPTAEKMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G545780`
TK1151 ID	TkA03G545780
OH-1004 ID	LXL04_010734
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G545780

位置 Chr03:137698560-137700386 (+)

描述 Similar to WRKY22: WRKY transcription factor 22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01250`	参与植物先天免疫反应中防御基因表达的转录因子。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a
`At5g52830`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g34830`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g30650`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g23550`	参与植物先天免疫反应中防御基因表达的转录因子。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007263 nitric oxide mediated signal transduction 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0140921 negative regulation of thermomorphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30650

ath:AT2G34830

ath:AT4G01250

ath:AT5G52830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965

排名 1 · TkA03G545780 · TK1151

细胞质0.097

排名 2 · TkA03G545780 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA03G545780 · TK1151

内质网0.023

排名 4 · TkA03G545780 · TK1151

质体0.014

排名 5 · TkA03G545780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15951MITF_TFEB_C_3_N84-133 aa

PF03106WRKY112-140 aa

PF03106WRKY159-216 aa

PF15951MITF_TFEB_C_3_N209-256 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G545780	`PF15951`	MITF_TFEB_C_3_N	84	133	1.5	10.0
TkA03G545780	`PF03106`	WRKY	112	140	9.4e-26	90.5
TkA03G545780	`PF03106`	WRKY	159	216	9.4e-26	90.5
TkA03G545780	`PF15951`	MITF_TFEB_C_3_N	209	256	1.5	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04609`	拟南芥	sp\|O04609\|WRK22_ARATH WRKY transcription factor 22	42.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FLX8`	拟南芥	sp\|Q9FLX8\|WRK27_ARATH Probable WRKY transcription factor 27	53.600%	Swiss-Prot	低置信
`O64747`	拟南芥	sp\|O64747\|WRK35_ARATH Probable WRKY transcription factor 35	66.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SA80`	拟南芥	sp\|Q9SA80\|WRK14_ARATH Probable WRKY transcription factor 14	64.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SUS1`	拟南芥	sp\|Q9SUS1\|WRK29_ARATH Probable WRKY transcription factor 29	42.700%	Swiss-Prot	中等置信

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