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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G538910
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135710115-135710823 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

621 bp · TkA03G538910|TK1151|cDNA

ATGGAAGATTCAGCTCAGAATTTGGTTAGATTTACTGGTGAAGAATTCAAGATGGATCCAGTCACTGCTCATGGTCGTCATCTACCTCCTCCTTTTCACGCAAGAGATCTCCAGTTGCACCACCACCAGCAGCTTCAGCAACACCATTCCCACCACCAGCAACAGCAACAACAACACCACCACCACCACAACAACAACAACCAACAGCAGCCGAATTCCGAGGAGGACGAGCTAAGTGGCGGAAGCAGCAACCTCAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

621 bp · TkA03G538910|TK1151|CDS

ATGGAAGATTCAGCTCAGAATTTGGTTAGATTTACTGGTGAAGAATTCAAGATGGATCCAGTCACTGCTCATGGTCGTCATCTACCTCCTCCTTTTCACGCAAGAGATCTCCAGTTGCACCACCACCAGCAGCTTCAGCAACACCATTCCCACCACCAGCAACAGCAACAACAACACCACCACCACCACAACAACAACAACCAACAGCAGCCGAATTCCGAGGAGGACGAGCTAAGTGGCGGAAGCAGCAACCTCAACCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

206 aa · TkA03G538910|TK1151|PROTEIN

MEDSAQNLVRFTGEEFKMDPVTAHGRHLPPPFHARDLQLHHHQQLQQHHSHHQQQQQQHHHHHNNNNQQQPNSEEDELSGGSSNLNHGQKREREDTHNNNNDGNRELASVVTGGEGDHSSGGGSGGSRRPRGRPAGSKNKPKPPIIITRDSANALRSHVMEVANGCDIQESISNFATRKQRGVCILSGSGTVTNVTLKQPAAPGRL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G538910
TK1151 IDTkA03G538910
OH-1004 IDLXL04_010635
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.029 / OH-1004 60.177
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G538910
位置Chr03:135710115-135710823 (-)
描述Similar to AHL18: AT-hook motif nuclear-localized protein 18
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g45430 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。
Over-expression of an AT-hook gene, AHL22, delays flowering and inhibits the elongation of the hypocotyl in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9507-9
The AT-hook motif-containing protein AHL22 regulates flowering initiation by modifying FLOWERING LOCUS T chromatin in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m111.318477
At4g22810 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At2g35270 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g12050 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g17800 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010635 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0141005 transposable element silencing by heterochromatin formation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003680 minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G42940
ath:AT2G45430
ath:AT3G60870
ath:AT4G12050
ath:AT4G22810
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974
排名 1 · TkA03G538910 · TK1151
细胞质0.087
排名 2 · TkA03G538910 · TK1151
细胞膜0.026
排名 3 · TkA03G538910 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkA03G538910 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA03G538910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05918API527-127 aa
PF03153TFIIA38-104 aa
PF29505ASI242-111 aa
PF03189Otopetrin44-99 aa
PF01080Presenilin47-98 aa
PF03479PCC150-201 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G538910PF05918API5271277.95.9
TkA03G538910PF03153TFIIA381040.001719.1
TkA03G538910PF29505ASI2421113.47.9
TkA03G538910PF03189Otopetrin44990.799.3
TkA03G538910PF01080Presenilin47982.77.4
TkA03G538910PF03479PCC1502013.6e-1350.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22130拟南芥sp|O22130|AHL22_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 2278.500%Swiss-Prot低置信
O49662拟南芥sp|O49662|AHL24_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 2473.700%Swiss-Prot低置信
O82166拟南芥sp|O82166|AHL21_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 2168.800%Swiss-Prot低置信
Q9SZ70拟南芥sp|Q9SZ70|AHL26_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 2671.400%Swiss-Prot低置信
O23620拟南芥sp|O23620|AHL23_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 2367.500%Swiss-Prot低置信

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