TkA02G603690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G603690

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155657270-155659314 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1335 bp · TkA02G603690|TK1151|cDNA

TTTAGTATCAAACAAAAACCATAAATTTTAGCAATTTGCCTATCATGTAAACGAACCCTATTCAAACTCCAACGAAACCACCGAAAATCCTTGCATTCTTCCGTGCCCTTCTTCTTCAGCGCGCGCGTCAGCCGTATCGTATATTCTCCACGGTATACGACTTCTGTACTCATCCACCACATCGCAATAAGTCTGCACACTAGTCACTACTTCAATGCTGGCCTTGTGAAATTTTGTTTCCCACCTGTCGGAGCTTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · TkA02G603690|TK1151|CDS

ATGATGCTTACGTTGAGGTATTATTCTCCACTGGATTTCATCGGAAGATTGCCATTCCTGAATCTCCCGAAGAAAGTTAGCAACTGCGTGGTATGTGCAGCTAAAGGTCCTCGACCAAGGTATCCACGAGTTTGGAAAACCAAACCAAAAATAGGAACCGTTTCTAAGTCATTGAAACTTGTCGAATGTATAAAGGAATTATCAAATGTGAAAGAGGAAGTCTACGGTGCTCTTGATTCTTTCATCGCATGGGATCTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · TkA02G603690|TK1151|PROTEIN

MMLTLRYYSPLDFIGRLPFLNLPKKVSNCVVCAAKGPRPRYPRVWKTKPKIGTVSKSLKLVECIKELSNVKEEVYGALDSFIAWDLEFPLITVKKALKTLEHEKEWKRIIQVTKWMLSKGQGRTMGSYYLLLYALAEDGRIDEAEELWTRLFSDNLESMPRIFFDRMISIYFRREMHDKMFEVFADMEELGIRPTVSIVNMVGEVFQKLEMLDKYQKLKRKYPPPKWEYRYIKGKRVKVRSQDLKKPENYYKKEVTEIGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G603690`
TK1151 ID	TkA02G603690
OH-1004 ID	LXL04_011924
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.731 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G603690

位置 Chr02:155657270-155659314 (-)

描述 Similar to EMB1417: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21190

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21190`	含五聚重复序列的蛋白质 At4g21190。	暂无已核实直接文献
`At4g18975`	含五三苯丙氨酸重复的蛋白At4g18975，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011924 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18975

ath:AT4G21190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.818

排名 1 · TkA02G603690 · TK1151

线粒体0.122

排名 2 · TkA02G603690 · TK1151

细胞核0.053

排名 3 · TkA02G603690 · TK1151

细胞质0.019

排名 4 · TkA02G603690 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA02G603690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N100-149 aa

PF13041PPR_2101-132 aa

PF01734Patatin126-221 aa

PF01535PPR127-152 aa

PF13041PPR_2128-150 aa

PF13428TPR_14128-153 aa

PF13041PPR_2165-196 aa

PF29070MSC6_N166-219 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G603690	`PF29070`	MSC6_N	100	149	0.0018	18.2
TkA02G603690	`PF13041`	PPR_2	101	132	5.7e-07	30.3
TkA02G603690	`PF01734`	Patatin	126	221	0.12	13.3
TkA02G603690	`PF01535`	PPR	127	152	4.2e-07	30.5
TkA02G603690	`PF13041`	PPR_2	128	150	5.7e-07	30.3
TkA02G603690	`PF13428`	TPR_14	128	153	0.23	13.0
TkA02G603690	`PF13041`	PPR_2	165	196	5.7e-07	30.3
TkA02G603690	`PF29070`	MSC6_N	166	219	0.0018	18.2
TkA02G603690	`PF13812`	PPR_3	166	200	0.016	16.0
TkA02G603690	`PF13428`	TPR_14	166	187	0.23	13.0
TkA02G603690	`PF01535`	PPR	167	192	4.2e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LG95`	拟南芥	sp\|Q8LG95\|PP332_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21190	66.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q2V3H0`	拟南芥	sp\|Q2V3H0\|PP322_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18975, chloroplastic	43.700%	Swiss-Prot	中等置信

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