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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G551200
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142232866-142240004 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4599 bp · TkA02G551200|TK1151|cDNA

AAACAAGCGTAGTTTGGACGCCGAAATGGAAAACTGAAAACTTTCTACTACCAAATAAATAGTGCTCTCTCTCTCTGTCCAAACGCAACGTCACAGCAAAATGAATTCAGAAACCCCTTGATAATTCTCATAGCTCACTCTCGTCTCTCTGAAAAATACGGTCGAAAACCCTCAAAATCTGTCTATTGAAGAAGGAAAATGGTGGATAAGGGAAAAGGGATCGCTGATGATTATTCATCGGGGAAACGGAAACGCCACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4263 bp · TkA02G551200|TK1151|CDS

ATGGTGGATAAGGGAAAAGGGATCGCTGATGATTATTCATCGGGGAAACGGAAACGCCACGGAGAAGATAAATCTGCTCATCCAAAGAGAAAAAACCTCAATGTCCTTCAGTTCTTCGAGGATTCCGCCTTCGAAGTAGACGAGAGCGATTCTAGTGACGATGACCTCACTTGCTTCAAACTTGTAGTAGAGAGATTTCTTGGTGTCTACTCATCTCATGTTAAATTTACCTATTGTTCCTTTGCTGCTGTAGTGTTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1420 aa · TkA02G551200|TK1151|PROTEIN

MVDKGKGIADDYSSGKRKRHGEDKSAHPKRKNLNVLQFFEDSAFEVDESDSSDDDLTCFKLVVERFLGVYSSHVKFTYCSFAAVVFLEDDFGPDIDVKAEPKTPNMPFFPKEEDMDVEELDRILEERYKPGSNFVKYAEDRATEAPRSDDRDTLMSHVVEPKIWKVKCMVGRERHSAFCLMQKYVDLQALGTKLEIVSAFAVEHVKGFIYIEAEKQSVINEACSGLCNIYPSRVSPIPVSDVPHLFSVRSKYSGVKVDTW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G551200
TK1151 IDTkA02G551200
OH-1004 IDLXL04_012592
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.859 / OH-1004 93.183
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G551200
位置Chr02:142232866-142240004 (-)
描述Similar to RDM3: Protein RNA-directed DNA methylation 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g04290 由小干扰 RNA（siRNA，24-nt RNA）触发的 RNA 引导 DNA 甲基化（RdDM）的效应器。
An effector of RNA-directed DNA methylation in arabidopsis is an ARGONAUTE 4- and RNA-binding protein.2009 · DOI: 10.1016/j.cell.2009.04.028
Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
Independent chromatin binding of ARGONAUTE4 and SPT5L/KTF1 mediates transcriptional gene silencing.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002120
At4g08350 可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。 暂无已核实直接文献
At2g34210 可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012592 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程
GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0032044 DSIF complex 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G04290
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.917
排名 1 · TkA02G551200 · TK1151
细胞质0.162
排名 2 · TkA02G551200 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkA02G551200 · TK1151
线粒体0.022
排名 4 · TkA02G551200 · TK1151
内质网0.021
排名 5 · TkA02G551200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03439Spt5-NGN162-246 aa
PF23042KOW1_SPT5255-380 aa
PF00467KOW258-288 aa
PF23290KOW5_SPT5262-282 aa
PF23037KOWx_SPT5424-475 aa
PF23291KOW4_SPT5484-538 aa
PF00467KOW494-523 aa
PF23290KOW5_SPT5494-517 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G551200PF03439Spt5-NGN1622461.6e-2176.8
TkA02G551200PF23042KOW1_SPT52553805e-2486.1
TkA02G551200PF00467KOW2582881.8e-0834.6
TkA02G551200PF23290KOW5_SPT52622824.3e-0833.3
TkA02G551200PF23037KOWx_SPT54244759e-0626.0
TkA02G551200PF23291KOW4_SPT54845382.9e-2072.6
TkA02G551200PF00467KOW4945231.8e-0834.6
TkA02G551200PF23290KOW5_SPT54945174.3e-0833.3
TkA02G551200PF23290KOW5_SPT55986424.3e-0833.3
TkA02G551200PF23042KOW1_SPT56006285e-2486.1
TkA02G551200PF00467KOW6036191.8e-0834.6
TkA02G551200PF13917zf-CCHC_3101410301e-1764.4
TkA02G551200PF00098zf-CCHC101510311.8e-73240.2
TkA02G551200PF14392zf-CCHC_4101610310.008216.5
TkA02G551200PF13917zf-CCHC_3103810561e-1764.4
TkA02G551200PF00098zf-CCHC104110571.8e-73240.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JW79拟南芥sp|F4JW79|RDM3_ARATH Protein RNA-directed DNA methylation 344.900%Swiss-Prot中等置信
Q9STN3拟南芥sp|Q9STN3|SPT51_ARATH Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 130.800%Swiss-Prot低置信
O80770拟南芥sp|O80770|SPT52_ARATH Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 241.100%Swiss-Prot低置信

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