TkA02G426730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G426730

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 108427676-108428383 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

708 bp · TkA02G426730|TK1151|cDNA

ATGTCTTCCGCCAATGAACCTCACCTAAACGGAGCTTACTACGGCCCATCAATCCCACCTCCGAACAAAAAGTCCCGATCCTACAACCGCCCTGGACGCGGCGGCGGAAGCTGCAACCCACTCTCATGCCTCTGCGGTTGTATCTTCAATCTCGTCTTCCAAATCATCATCACCATAGTCGTCCTCCTCGGTATCGCTGTCCTCGTCTTCTGGCTCATCTTCCGCCCTAACGCCCCAAAATTCCATGTCAACGAAGCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · TkA02G426730|TK1151|CDS

ATGTCTTCCGCCAATGAACCTCACCTAAACGGAGCTTACTACGGCCCATCAATCCCACCTCCGAACAAAAAGTCCCGATCCTACAACCGCCCTGGACGCGGCGGCGGAAGCTGCAACCCACTCTCATGCCTCTGCGGTTGTATCTTCAATCTCGTCTTCCAAATCATCATCACCATAGTCGTCCTCCTCGGTATCGCTGTCCTCGTCTTCTGGCTCATCTTCCGCCCTAACGCCCCAAAATTCCATGTCAACGAAGCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · TkA02G426730|TK1151|PROTEIN

MSSANEPHLNGAYYGPSIPPPNKKSRSYNRPGRGGGSCNPLSCLCGCIFNLVFQIIITIVVLLGIAVLVFWLIFRPNAPKFHVNEATLTQFTLSPDNNTLYYNLAVNMTFRNPNRRIGIYYDKIEANAEYYGKRFSTRDLDTFYLGHKRENNVGTVFVGEQVVVLENDDRSRYSTETNDRIYNIDLKLKLRLRLKVGWAKPKFKPKLECELKVPITSGGRVSSTGFQRTKCDFDW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G426730`
TK1151 ID	TkA02G426730
OH-1004 ID	LXL04_014421
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G426730

位置 Chr02:108427676-108428383 (+)

描述 Similar to NHL3: NDR1/HIN1-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06320`	赋予对丁香假单胞菌 pv. 的抗性番茄 DC3000。	The Arabidopsis NHL3 gene encodes a plasma membrane protein and its overexpression correlates with increased resistance to Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.020438
`At2g35980`	可能在植物免疫中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g11650`	可能在植物免疫中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g11660`	可能在植物免疫中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g53730`	参与韧皮部中糖、氨基酸和一些初级代谢物从伴随细胞输出到筛元件的调节。	Increased expression of a phloem membrane protein encoded by NHL26 alters phloem export and sugar partitioning in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111849

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014421 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32270

ath:AT2G35980

ath:AT3G11650

ath:AT5G06320

ath:AT5G53730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.808

排名 1 · TkA02G426730 · TK1151

细胞质0.107

排名 2 · TkA02G426730 · TK1151

内质网0.082

排名 3 · TkA02G426730 · TK1151

细胞外0.079

排名 4 · TkA02G426730 · TK1151

溶酶体／液泡0.049

排名 5 · TkA02G426730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19703DUF620158-98 aa

PF03168LEA_2109-199 aa

PF19703DUF6201166-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G426730	`PF19703`	DUF6201	58	98	0.089	13.4
TkA02G426730	`PF03168`	LEA_2	109	199	4.5e-08	34.2
TkA02G426730	`PF19703`	DUF6201	166	185	0.089	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNH6`	拟南芥	sp\|Q9FNH6\|NHL3_ARATH NDR1/HIN1-like protein 3	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SJ52`	拟南芥	sp\|Q9SJ52\|NHL10_ARATH NDR1/HIN1-like protein 10	42.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SRN1`	拟南芥	sp\|Q9SRN1\|NHL2_ARATH NDR1/HIN1-like protein 2	42.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SRN0`	拟南芥	sp\|Q9SRN0\|NHL1_ARATH NDR1/HIN1-like protein 1	33.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FI03`	拟南芥	sp\|Q9FI03\|NHL26_ARATH NDR1/HIN1-like protein 26	31.500%	Swiss-Prot	低置信

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