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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G425120
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 107969115-107969933 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

786 bp · TkA02G425120|TK1151|cDNA

ATGGAAAGAGGATGGAAGCCCAACGTCGAGATATGCCCACCATGTCCTCGTTGTGGTTCATCCAGTACCAAGTTCTGTTACTACAACAATTACAGTTTGACTCAACCTAGGTATTTCTGTAAAGGGTGTAGAAGATATTGGACTAAAGGCGGCTCACTCAGAAACATCCCTGTCGGTGGTGGTTGCCGGAAAACCAGACGATCGAAATCTATTCGTATCTCTGGTGGTCGTGGAACCGCCGGTTATGGAGGTCGTGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

786 bp · TkA02G425120|TK1151|CDS

ATGGAAAGAGGATGGAAGCCCAACGTCGAGATATGCCCACCATGTCCTCGTTGTGGTTCATCCAGTACCAAGTTCTGTTACTACAACAATTACAGTTTGACTCAACCTAGGTATTTCTGTAAAGGGTGTAGAAGATATTGGACTAAAGGCGGCTCACTCAGAAACATCCCTGTCGGTGGTGGTTGCCGGAAAACCAGACGATCGAAATCTATTCGTATCTCTGGTGGTCGTGGAACCGCCGGTTATGGAGGTCGTGGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

261 aa · TkA02G425120|TK1151|PROTEIN

MERGWKPNVEICPPCPRCGSSSTKFCYYNNYSLTQPRYFCKGCRRYWTKGGSLRNIPVGGGCRKTRRSKSIRISGGRGTAGYGGRGNVENLNHSSGIGGGSTMVQPTNIDLQQVYANFVNQRPQIGHHEQTHDQILHSEIDPMSSFGFSNIPNMEMEFGGTNYGSNLESILSEGNGMQFCGYNSIFTNNEEDHEKNYFGARGMSNCGLPPLPGEEMGWSESNIGFSELVVNSTIEPEGRVSGECPVKMFDLPPNSDTIFR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G425120
TK1151 IDTkA02G425120
OH-1004 IDLXL04_014446
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G425120
位置Chr02:107969115-107969933 (+)
描述Similar to DOF3.5: Dof zinc finger protein DOF3.5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g52440 能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At1g21340 能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At5g60200 转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。
Mobile PEAR transcription factors integrate positional cues to prime cambial growth.2019 · DOI: 10.1038/s41586-018-0839-y
At4g24060 能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0726300 可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014446 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0090057 root radial pattern formation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G21340
ath:AT3G45610
ath:AT3G52440
ath:AT4G24060
ath:AT5G60200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.956
排名 1 · TkA02G425120 · TK1151
细胞质0.143
排名 2 · TkA02G425120 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA02G425120 · TK1151
内质网0.013
排名 4 · TkA02G425120 · TK1151
线粒体0.010
排名 5 · TkA02G425120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14354Lar_restr_allev13-45 aa
PF12760Zn_ribbon_IS159513-45 aa
PF02701Zn_ribbon_Dof14-67 aa
PF23451Zn_ribbon_PaaD14-44 aa
PF02701Zn_ribbon_Dof177-184 aa
PF14354Lar_restr_allev179-196 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G425120PF14354Lar_restr_allev13453.78.6
TkA02G425120PF12760Zn_ribbon_IS159513458.87.1
TkA02G425120PF02701Zn_ribbon_Dof14673e-30104.9
TkA02G425120PF23451Zn_ribbon_PaaD14441.89.0
TkA02G425120PF02701Zn_ribbon_Dof1771843e-30104.9
TkA02G425120PF14354Lar_restr_allev1791963.78.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SVC5拟南芥sp|Q9SVC5|DOF35_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.546.700%Swiss-Prot中等置信
P68349拟南芥sp|P68349|DOF12_ARATH Dof zinc finger protein DOF1.276.800%Swiss-Prot低置信
Q84TE9拟南芥sp|Q84TE9|DOF53_ARATH Dof zinc finger protein DOF5.380.300%Swiss-Prot低置信
Q8LAP8拟南芥sp|Q8LAP8|DOF46_ARATH Dof zinc finger protein DOF4.676.200%Swiss-Prot低置信
Q6Z345水稻sp|Q6Z345|DOF4_ORYSJ Dof zinc finger protein 480.400%Swiss-Prot低置信

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