TkA02G325580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G325580

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 82603012-82616870 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2999 bp · TkA02G325580|TK1151|cDNA

AAGGAGTAGCGTGGTAGCCCAAAATATTAGTGTTCGTGATGAATGGGAGGCAATATGAAATTGGAAAGATTTCAAAGAACGCATCCGTCGCCAAATCGCCAATGATGCCACGATCATCGGCTGAAATCTATGGAGTAAAATCAGTAACCGCCAGGCGTCAACTACCTATCTTCTCGCTGATCCTTCTTATCTCGGACTTGTGAAGCGCAGTCGCACAACTCGCAATTCTCATTCGCACAACTCCCAAATCGTAATATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2106 bp · TkA02G325580|TK1151|CDS

ATGAGACCTTGCATAACGATCGGCGTCAGCTTTCTATTTGTCTCTTATCATGTCGCCAATGGCAGCGTCCAACTCCTTTCCAAATCGAAGCTTCAAAAATGCGAAAAGGTTTCAAATGATGCTCCTCTTAACTGCACCAAAAAAGTAATCGTCAATATGGCTGTTCCTAGTGAATCAAGCGGCAGAGAAGCATCGCTTGTAGCTGAAATAGTGGAGGTCGAGGAAAATGCGACTGATAATAACATGAGAACGGTTCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

701 aa · TkA02G325580|TK1151|PROTEIN

MRPCITIGVSFLFVSYHVANGSVQLLSKSKLQKCEKVSNDAPLNCTKKVIVNMAVPSESSGREASLVAEIVEVEENATDNNMRTVRDPPVITVNKSAAYAQYHLTYIRDVPYKPEELYFKTRKCDRNAGPNIVHDCVALRDEHGHIIERTKPFCCSCGGQRRVPSSCGNFFDKMVKGKVNTAHCLRFPGEWFHVFGIGQHSVGFTIRVEVKTGSKISEVIISPQNRTAISHDKFLRVNLIGDYVGYNDIPSFENFFLVTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G325580`
TK1151 ID	TkA02G325580
OH-1004 ID	LXL04_015497
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.719 / OH-1004 96.724 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G325580

位置 Chr02:82603012-82616870 (-)

描述 Similar to HAP2: Protein HAPLESS 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11720`	男性生育所需。	Arabidopsis HAP2 (GCS1) is a sperm-specific gene required for pollen tube guidance and fertilization.2006 · DOI: 10.1242/dev.02683 HAP2(GCS1)-dependent gamete fusion requires a positively charged carboxy-terminal domain.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000882 The functional domain of GCS1-based gamete fusion resides in the amino terminus in plant and parasite species.2010 · DOI: 10.1371/journal.pone.0015957 Egg cell-secreted EC1 triggers sperm cell activation during double fertilization.2012 · DOI: 10.1126/science.1223944 Arabidopsis HAP2/GCS1 is a gamete fusion protein homologous to somatic and viral fusogens.2017 · DOI: 10.1083/jcb.201610093

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0269500`	对雄性生育力必需。	暂无已核实直接文献
`Os09g0525700`	对雄性生育力必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015497 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007338 single fertilization 生物过程

GO:0007342 fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization 生物过程

GO:0009566 fertilization 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0045026 plasma membrane fusion 生物过程

GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程

GO:0051205 protein insertion into membrane 生物过程

GO:0061936 fusion of sperm to egg plasma membrane involved in double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11720

dosa:Os05g0269500

dosa:Os09g0525700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.556

排名 1 · TkA02G325580 · TK1151

细胞质0.204

排名 2 · TkA02G325580 · TK1151

细胞外0.167

排名 3 · TkA02G325580 · TK1151

内质网0.121

排名 4 · TkA02G325580 · TK1151

高尔基体0.119

排名 5 · TkA02G325580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10699HAP2-GCS143-555 aa

PF02535Zip613-684 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G325580	`PF10699`	HAP2-GCS1	43	555	1e-142	477.1
TkA02G325580	`PF02535`	Zip	613	684	0.48	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JP36`	拟南芥	sp\|F4JP36\|HAP2_ARATH Protein HAPLESS 2	65.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q5W6B9`	水稻	sp\|Q5W6B9\|HAP2A_ORYSJ Protein HAPLESS 2-A	55.700%	Swiss-Prot	高置信
`B9G4M9`	水稻	sp\|B9G4M9\|HAP2B_ORYSJ Protein HAPLESS 2-B	55.500%	Swiss-Prot	高置信

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