TkA02G180440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G180440

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 46404215-46406532 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1614 bp · TkA02G180440|TK1151|cDNA

GCACTTCTTGCTCTTGTGTACACGTTGTCGACATATGTGGGGCCTTTTCTTATAGATGCATTTGTAGAATATGTAAATGGACATCGAGACTTAAAAGAGGGGTTTTTTCTAGTTTCGGCATTCTTTTTTTCAAAGATTGTAGAGTGTTTGGCAAACCGTCATCAAGATTTTAAGCAGAAGCAGGCGGGAATCAAGGCAAGAGGTGCTTTAATTGCAACAATCTACCAAAAAGGTTTGACGCTTTCGTCTCGGTCAAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA02G180440|TK1151|CDS

GCACTTCTTGCTCTTGTGTACACGTTGTCGACATATGTGGGGCCTTTTCTTATAGATGCATTTGTAGAATATGTAAATGGACATCGAGACTTAAAAGAGGGGTTTTTTCTAGTTTCGGCATTCTTTTTTTCAAAGATTGTAGAGTGTTTGGCAAACCGTCATCAAGATTTTAAGCAGAAGCAGGCGGGAATCAAGGCAAGAGGTGCTTTAATTGCAACAATCTACCAAAAAGGTTTGACGCTTTCGTCTCGGTCAAAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

538 aa · TkA02G180440|TK1151|PROTEIN

ALLALVYTLSTYVGPFLIDAFVEYVNGHRDLKEGFFLVSAFFFSKIVECLANRHQDFKQKQAGIKARGALIATIYQKGLTLSSRSKQGRSSGEIINFVAVDAERVGDFSHYMHNPWLVILEVGLALAILYKNLGVSSLAAFVATIIVVLVNIPLRRFQKKFEEKLMKYKDKRMKTTSEILKNMRILKLHGWEMKFLSRIHDIRKDEARWLYKIVYSMAMTNFSFWVAPTFVTIATFGTCILAGIQLDSGKVFSALATFKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G180440`
TK1151 ID	TkA02G180440
OH-1004 ID	LXL04_016171
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 36.499 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G180440

位置 Chr02:46404215-46406532 (-)

描述 Similar to ABCC3: ABC transporter C family member 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13080`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	An ABC-transporter of Arabidopsis thaliana has both glutathione-conjugate and chlorophyll catabolite transport activity.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00076.x
`At3g13090`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献
`At3g13100`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XCD4`	ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016171 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04120

ath:AT3G13080

ath:AT3G13090

ath:AT3G13100

dosa:Os03g0142800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.324

排名 1 · TkA02G180440 · TK1151

细胞膜0.250

排名 2 · TkA02G180440 · TK1151

细胞质0.210

排名 3 · TkA02G180440 · TK1151

内质网0.199

排名 4 · TkA02G180440 · TK1151

高尔基体0.121

排名 5 · TkA02G180440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane2-262 aa

PF27639VMP1_C40-60 aa

PF00528BPD_transp_1124-165 aa

PF00528BPD_transp_1207-244 aa

PF27639VMP1_C212-219 aa

PF00005ABC_tran267-288 aa

PF00005ABC_tran331-463 aa

PF20703nSTAND1339-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G180440	`PF00664`	ABC_membrane	2	262	9.4e-25	88.5
TkA02G180440	`PF27639`	VMP1_C	40	60	0.094	13.1
TkA02G180440	`PF00528`	BPD_transp_1	124	165	0.3	11.5
TkA02G180440	`PF00528`	BPD_transp_1	207	244	0.3	11.5
TkA02G180440	`PF27639`	VMP1_C	212	219	0.094	13.1
TkA02G180440	`PF00005`	ABC_tran	267	288	1.7e-19	71.5
TkA02G180440	`PF00005`	ABC_tran	331	463	1.7e-19	71.5
TkA02G180440	`PF20703`	nSTAND1	339	367	0.31	11.3
TkA02G180440	`PF01926`	MMR_HSR1	341	365	0.27	12.1
TkA02G180440	`PF02463`	SMC_N	342	361	0.0013	19.0
TkA02G180440	`PF00350`	Dynamin_N	342	362	0.12	13.1
TkA02G180440	`PF13304`	AAA_21	344	390	0.0016	19.2
TkA02G180440	`PF02463`	SMC_N	397	505	0.0013	19.0
TkA02G180440	`PF13304`	AAA_21	436	498	0.0016	19.2
TkA02G180440	`PF01926`	MMR_HSR1	492	511	0.27	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK64`	拟南芥	sp\|Q9LK64\|AB3C_ARATH ABC transporter C family member 3	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZZ4`	拟南芥	sp\|Q8VZZ4\|AB6C_ARATH ABC transporter C family member 6	62.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LK62`	拟南芥	sp\|Q9LK62\|AB7C_ARATH ABC transporter C family member 7	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2XCD4`	水稻	sp\|A2XCD4\|AB13C_ORYSI ABC transporter C family member 13	56.000%	Swiss-Prot	高置信

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