TkA02G105960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G105960

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 27745351-27749525 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2797 bp · TkA02G105960|TK1151|cDNA

ACAAACTCAAATTTAACACCCCTAAAACGCTGGACCGTAAATCGCCGGTCGCTAGCGAATCAAAGGCGTCGCCGTTACCATCCGGTCTCTTTTCCATTATCACTACACCAACATCACCGAGCAATCCATTTGAAAATGAACGAAACCCTAGTTACGTCATCTGAACCACCACCATCAGACGGGGATCCAATGGATGTTGTAACCGAAGCTCATAACCCTAATGAGAACCAGTCTGCCTCAAGTTCCGATTCCGACTCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2469 bp · TkA02G105960|TK1151|CDS

ACAAACTCAAATTTAACACCCCTAAAACGCTGGACCGTAAATCGCCGGTCGCTAGCGAATCAAAGGCGTCGCCGTTACCATCCGGTCTCTTTTCCATTATCACTACACCAACATCACCGAGCAATCCATTTGAAAATGAACGAAACCCTAGTTACGTCATCTGAACCACCACCATCAGACGGGGATCCAATGGATGTTGTAACCGAAGCTCATAACCCTAATGAGAACCAGTCTGCCTCAAGTTCCGATTCCGACTCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

822 aa · TkA02G105960|TK1151|PROTEIN

TNSNLTPLKRWTVNRRSLANQRRRRYHPVSFPLSLHQHHRAIHLKMNETLVTSSEPPPSDGDPMDVVTEAHNPNENQSASSSDSDSESDDEAQVALELQNLETELATNPANYDAHVQYITALRKQGDLDKLRLAREAMSELFPLTPAMWQQWGNDEISLISSSAHEGAIPAIEKLYERGVSDYTSVPLWLDYLNFLQKYDSSVSECSPSGISKARDLFERALTACGLHIAEGSKLWESYRSYEERILNTMDKTDSELREK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G105960`
TK1151 ID	TkA02G105960
OH-1004 ID	LXL04_016745
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.769 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G105960`
位置	Chr02:27745351-27749525 (+)
描述	Similar to sart3: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016745` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程 GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0048872 homeostasis of number of cells 生物过程 GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程 GO:0061484 hematopoietic stem cell homeostasis 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_B0035.12 hsa:9733 mmu:53890 pon:100171719 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.849

排名 1 · TkA02G105960 · TK1151

细胞质0.206

排名 2 · TkA02G105960 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA02G105960 · TK1151

细胞膜0.026

排名 4 · TkA02G105960 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA02G105960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04889Cwf_Cwc_1568-113 aa

PF05843Suf98-602 aa

PF14559TPR_1999-130 aa

PF23240HAT_PRP39_N101-287 aa

PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N102-246 aa

PF25064ARM_TT21_5th103-134 aa

PF23241HAT_PRP39_C109-145 aa

PF13428TPR_14114-153 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G105960	`PF04889`	Cwf_Cwc_15	68	113	0.028	15.0
TkA02G105960	`PF05843`	Suf	98	602	1.1e-29	104.2
TkA02G105960	`PF14559`	TPR_19	99	130	0.0015	19.5
TkA02G105960	`PF23240`	HAT_PRP39_N	101	287	4.5e-35	121.9
TkA02G105960	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	102	246	3.7e-21	76.3
TkA02G105960	`PF25064`	ARM_TT21_5th	103	134	0.17	13.0
TkA02G105960	`PF23241`	HAT_PRP39_C	109	145	2.1e-22	80.4
TkA02G105960	`PF13428`	TPR_14	114	153	4.3e-14	52.3
TkA02G105960	`PF23241`	HAT_PRP39_C	166	224	2.1e-22	80.4
TkA02G105960	`PF13428`	TPR_14	167	190	4.3e-14	52.3
TkA02G105960	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	174	245	2.7e-11	43.6
TkA02G105960	`PF08424`	NRDE-2	181	206	6.8e-05	22.8
TkA02G105960	`PF23241`	HAT_PRP39_C	189	298	2.1e-22	80.4
TkA02G105960	`PF23220`	HAT_Syf1_M	211	264	0.00072	20.2
TkA02G105960	`PF13428`	TPR_14	212	227	4.3e-14	52.3
TkA02G105960	`PF13026`	DUF3887	305	326	0.29	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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