TkA02G043090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G043090

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 10961262-10966386 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2679 bp · TkA02G043090|TK1151|cDNA

AAAAAAAATTCGTAAAAATACTTATATGGTTGCCAAATACTTTCTTAGCCAACATTACTACTTTGGCTCCTTTGTTCCGCCGTCGGAACACGGCGGTTGCCCCAATCTCAACCTTCCTTTTATTGGCCCACATACTGCTCATATGCCCAACACACTTTTTCAAGTCTCAACTGTTTCGCTCCCTTGATCCTTAAGTTTATGCTAACCGTTTGATCTCAACTTTCACATTCCTTATAAAAATATATTTCAAGGTCATTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2241 bp · TkA02G043090|TK1151|CDS

ATGGAGGACAAATACAGTGTTGAATCTGCAGATGCACTTGCGAACGAAGCATTGCGATTGCCAATATCGGAGGCAGTGCCTATCTATGAGCAGCTCTTGGCTACCTTCCCCACAGCGGCAAAATATTGGAAGCAATATGTAGAAGCACATATGGCTGTCAATAATGATGATGCAACAAAACAGATATTCAGCAGATGCCTATTGAATTGCTTGCAGATTCCTCTTTGGAGATGCTATATCAATTTCATCAGAAAAGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

746 aa · TkA02G043090|TK1151|PROTEIN

MEDKYSVESADALANEALRLPISEAVPIYEQLLATFPTAAKYWKQYVEAHMAVNNDDATKQIFSRCLLNCLQIPLWRCYINFIRKVNEKKGLEGQEETRKAFDFMLGYVGSDIASGPVWTEYINFLKSLPTQNPQEESQRMIAVRKVYQKAIVTPTHHVEQHWRDYENFENSVSRALAKGLVSEYQPKYNSARAVYRERKKYVDEIDWNMVAVPPSGSVKEELQWTAWKRFLAFEKENPQRIDTVSANKRISFTYEQCLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G043090`
TK1151 ID	TkA02G043090
OH-1004 ID	LXL04_023493
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 10.724 / OH-1004 84.615 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G043090

位置 Chr02:10961262-10966386 (-)

描述 Similar to CSTF77: Cleavage stimulation factor subunit 77

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17760`	多聚腺苷酸化和前mRNA 3'端切割所需的多种因素之一（通过相似性）。	Targeted 3' processing of antisense transcripts triggers Arabidopsis FLC chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1126/science.1180278

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031440 regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042868 antisense RNA metabolic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0180010 co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17760

hsa:1479

mmu:228410

pon:100174283

spo:2541600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.722

排名 1 · TkA02G043090 · TK1151

细胞质0.295

排名 2 · TkA02G043090 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA02G043090 · TK1151

线粒体0.028

排名 4 · TkA02G043090 · TK1151

高尔基体0.027

排名 5 · TkA02G043090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05843Suf3-511 aa

PF23240HAT_PRP39_N22-167 aa

PF24575TPR_Slam22-60 aa

PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N23-103 aa

PF13428TPR_1423-48 aa

PF29376PRP6_TPR23-70 aa

PF14559TPR_1923-64 aa

PF30153TPR_YpiA_C23-65 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G043090	`PF05843`	Suf	3	511	1.8e-159	532.5
TkA02G043090	`PF23240`	HAT_PRP39_N	22	167	2.3e-39	135.9
TkA02G043090	`PF24575`	TPR_Slam	22	60	0.02	16.0
TkA02G043090	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	23	103	6e-23	82.1
TkA02G043090	`PF13428`	TPR_14	23	48	2.9e-14	52.9
TkA02G043090	`PF29376`	PRP6_TPR	23	70	6.9e-08	32.3
TkA02G043090	`PF14559`	TPR_19	23	64	1.6e-07	32.3
TkA02G043090	`PF30153`	TPR_YpiA_C	23	65	8.9e-05	23.8
TkA02G043090	`PF29386`	CFAP70_mid_TPR	23	67	0.07	14.1
TkA02G043090	`PF13432`	TPR_16	24	50	1.9e-05	25.7
TkA02G043090	`PF07719`	TPR_2	24	38	0.009	16.8
TkA02G043090	`PF30154`	TPR_YpiA	24	34	0.059	14.1
TkA02G043090	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	25	93	2.9e-08	33.6
TkA02G043090	`PF13371`	TPR_9	25	44	0.0026	18.5
TkA02G043090	`PF23241`	HAT_PRP39_C	40	89	4.1e-32	111.9
TkA02G043090	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	40	173	2.9e-08	33.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUP1`	拟南芥	sp\|Q8GUP1\|CTF77_ARATH Cleavage stimulation factor subunit 77	64.500%	Swiss-Prot	高置信

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