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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G626810
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158206309-158209005 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2191 bp · TkA01G626810|TK1151|cDNA

CTTATGCTAAAATACAGGGACATATTGTTTACCTCATGTAAAAGTATAGGGGATGTTTACGACTCTTCCTATATGTTGTTAGGGTTTAACAGCAAAAAGGGGGTTTAAGCGGGTTCCCCATTTCTTCTCTGCACCTCTCTGGTTTTCATTTCTTGACACGAAATTATGTGGGCGCTCCGACGAACCTCCTCTATCGCTCTCAGGTCACAAACATTTTCAGCAGTCACCTTTCGTCCATCATTTCCGGAACACAAAACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkA01G626810|TK1151|CDS

ATGTGGGCGCTCCGACGAACCTCCTCTATCGCTCTCAGGTCACAAACATTTTCAGCAGTCACCTTTCGTCCATCATTTCCGGAACACAAAACACCATTTTCAACATATACAGACAAAACAAGATCCCACAACCCACTACCACACCCAAGTGGGTCCCGAATCCTAAATACATATTCTTCAAGTTCAAGTACACATTCCAACACCACCTCAAATCACACCTACTCTTCAATAGCTGGCACAATAACCAATGGGGAGAAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

602 aa · TkA01G626810|TK1151|PROTEIN

MWALRRTSSIALRSQTFSAVTFRPSFPEHKTPFSTYTDKTRSHNPLPHPSGSRILNTYSSSSSTHSNTTSNHTYSSIAGTITNGEKEQEEEDDDNKLEDGFSELEDESDNESISENDTEVMGPKVTKTNQQKRAFSEIFKAIMDSPFQPVQKTLDNWLEKGDSITRSDISIAMLEFRRRKMYGKALHLSEWLQSRKQLQFNEKDYSSHVDLISKVHGLQAAEKYISKIPKSFQGELVYRTLLANCVITTDTTKAEQIFNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G626810
TK1151 IDTkA01G626810
OH-1004 IDLXL04_000237
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G626810
位置Chr01:158206309-158209005 (+)
描述Similar to At1g80270: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g80270 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g80270，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g15480 含有五重复肽基序的蛋白At1g15480，位于线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g15590 含五重复三肽序列的蛋白 At3g15590，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g20710 含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At5g09450 含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005761 mitochondrial ribosome 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15480
ath:AT1G60770
ath:AT1G80270
ath:AT3G15590
ath:AT4G02820
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.793
排名 1 · TkA01G626810 · TK1151
质体0.147
排名 2 · TkA01G626810 · TK1151
细胞核0.057
排名 3 · TkA01G626810 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkA01G626810 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA01G626810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21109Stonustoxin_helical6-39 aa
PF17177PPR_long55-118 aa
PF29070MSC6_N61-124 aa
PF21109Stonustoxin_helical123-160 aa
PF21109Stonustoxin_helical187-209 aa
PF17177PPR_long196-228 aa
PF20431E_motif200-228 aa
PF19189Mtf2211-266 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G626810PF21109Stonustoxin_helical6392.19.3
TkA01G626810PF17177PPR_long551182e-1764.0
TkA01G626810PF29070MSC6_N611244.5e-0936.6
TkA01G626810PF21109Stonustoxin_helical1231602.19.3
TkA01G626810PF21109Stonustoxin_helical1872092.19.3
TkA01G626810PF17177PPR_long1962282e-1764.0
TkA01G626810PF20431E_motif2002283.78.6
TkA01G626810PF19189Mtf22112660.1812.2
TkA01G626810PF14559TPR_192192451.2e-0526.2
TkA01G626810PF17177PPR_long2363952e-1764.0
TkA01G626810PF13041PPR_22372696.8e-1865.2
TkA01G626810PF01535PPR2382658.3e-2586.0
TkA01G626810PF13812PPR_32382651.2e-1351.6
TkA01G626810PF00255GSHPx2403020.04714.0
TkA01G626810PF29070MSC6_N2423644.5e-0936.6
TkA01G626810PF23276TPR_242432628.8e-1039.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C977拟南芥sp|Q9C977|PP135_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial49.100%Swiss-Prot中等置信
Q9XI21拟南芥sp|Q9XI21|PPR44_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15480, mitochondrial52.700%Swiss-Prot高置信
Q9LRP6拟南芥sp|Q9LRP6|PP234_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15590, mitochondrial48.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SKU6拟南芥sp|Q9SKU6|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial27.800%Swiss-Prot低置信
Q94B59拟南芥sp|Q94B59|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial27.000%Swiss-Prot低置信

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