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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G615220
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 155177683-155181570 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2813 bp · TkA01G615220|TK1151|cDNA

ATTTATCTCAGTTGAGGAAGAGGCGAAGAGAGAGAGAGAGCATAGGAAATGGCGAAGATGCAAGAAGAAGCTCTTCTGTTCTGATTATCCCATAAGAAATCGCTAGTTTTGATTCTCTCATCAGTCTTTCACTGTCTTCGATTCTTAGATCTGAAAACCCCTTAAAACCTTCGATGATTAAGTAAAGCAAAATCTGCGATAAAAATATGAGCCAATTGAGTATCGAAACTGGAGATTCTTTTGCTACTTTACTCGAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1971 bp · TkA01G615220|TK1151|CDS

ATGAGCCAATTGAGTATCGAAACTGGAGATTCTTTTGCTACTTTACTCGAACTTGCTGCAAATAATGACATCGAGGGGTTCACCCAATCAATCGAGTCCGACTCATCTGGGATTGACGAGGTCGGATTATGGTATGGCCGTCAAAAGGGGTCAAAACAAATGGTTCTCGAACACCGAACTCCATTAATGGTGGCCGCCATGTATGGAAGCATCGACGTTCTGAAGCTAATTCTTTCCCAATCAAAAGTCGATGTGAACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

656 aa · TkA01G615220|TK1151|PROTEIN

MSQLSIETGDSFATLLELAANNDIEGFTQSIESDSSGIDEVGLWYGRQKGSKQMVLEHRTPLMVAAMYGSIDVLKLILSQSKVDVNRLCGVDKTTALHCAASGGSINAVEAIKLLLLNGADPNLIDVNGLRPVDMIVVSPKLPDMKKTLEELLGADGDLELPILNSLSPENHSPENRSPVSDPDLLSSPKISPFDTKREYPVDPSLPDIKNSIYSTDEFRMYSFKVRPCSRAYSHDWTECPFVHPGENARRRDPRKYHYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G615220
TK1151 IDTkA01G615220
OH-1004 IDLXL04_000385
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.619
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G615220
位置Chr01:155177683-155181570 (-)
描述Similar to At2g41900: Zinc finger CCCH domain-containing protein 30
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g41900 含锌指 CCCH 结构域蛋白 30。 暂无已核实直接文献
At5g12850 含锌指CCCH结构域的蛋白56。 暂无已核实直接文献
At5g58620 含锌指CCCH结构域的蛋白66。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0698800 含锌指CCCH结构域的蛋白质24。 暂无已核实直接文献
Os07g0568300 含锌指CCCH结构域的蛋白 50。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000385 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程
GO:1902074 response to salt 生物过程
GO:0000932 P-body 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41900
ath:AT5G12850
ath:AT5G58620
dosa:Os03g0698800
dosa:Os12g0515500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.685
排名 1 · TkA01G615220 · TK1151
细胞核0.338
排名 2 · TkA01G615220 · TK1151
细胞膜0.065
排名 3 · TkA01G615220 · TK1151
溶酶体／液泡0.041
排名 4 · TkA01G615220 · TK1151
线粒体0.037
排名 5 · TkA01G615220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131Torus33-53 aa
PF12796Ank_254-126 aa
PF24521Ank_KRIT154-95 aa
PF13606Ank_358-86 aa
PF00023Ank59-86 aa
PF13857Ank_560-82 aa
PF13637Ank_462-110 aa
PF13857Ank_585-135 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G615220PF16131Torus33530.1113.8
TkA01G615220PF12796Ank_2541265.1e-1143.7
TkA01G615220PF24521Ank_KRIT154950.01216.0
TkA01G615220PF13606Ank_358869.2e-1038.5
TkA01G615220PF00023Ank59863.2e-1349.8
TkA01G615220PF13857Ank_560822.8e-0628.3
TkA01G615220PF13637Ank_4621101.2e-1042.0
TkA01G615220PF13857Ank_5851352.8e-0628.3
TkA01G615220PF24521Ank_KRIT1911230.01216.0
TkA01G615220PF00023Ank941263.2e-1349.8
TkA01G615220PF13606Ank_3951239.2e-1038.5
TkA01G615220PF13637Ank_41091341.2e-1042.0
TkA01G615220PF25512zf-CCCH_AtC3H232182514.1e-2278.3
TkA01G615220PF00642zf-CCCH2392451.6e-0525.4
TkA01G615220PF18345zf_CCCH_42392443.7e-0524.3
TkA01G615220PF14608zf-CCCH_22392457.18.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93755拟南芥sp|P93755|C3H30_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3056.200%Swiss-Prot高置信
Q9LXV4拟南芥sp|Q9LXV4|C3H56_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5647.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LUZ4拟南芥sp|Q9LUZ4|C3H66_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6642.700%Swiss-Prot中等置信
Q10EL1水稻sp|Q10EL1|C3H24_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 2452.900%Swiss-Prot高置信
Q84SL2水稻sp|Q84SL2|C3H50_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 5042.600%Swiss-Prot中等置信

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