RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G566980
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 142722262-142724169 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1614 bp · TkA01G566980|TK1151|cDNA

ATGCCACTAACGACAGTGAAGGCTTCCATTATTGGGAAAATTAGCGATGATAATATCCAGTCTGTTTCTAAAGTCTCTCGCAATTCCGTTAACATTTATCCTCCAAGAACCCTGAATGAAGCTTTCATTTCTCTTGCAAACAATCTCATTGACCAAGACACACGTTACAACACCAGTTGTTTAGATAATGCTTATTCGTTGATTCTTGAGCGGTGTTCCACACAAGAATCTTTGTCACAAATCAAGCAAGTCCATGCCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA01G566980|TK1151|CDS

ATGCCACTAACGACAGTGAAGGCTTCCATTATTGGGAAAATTAGCGATGATAATATCCAGTCTGTTTCTAAAGTCTCTCGCAATTCCGTTAACATTTATCCTCCAAGAACCCTGAATGAAGCTTTCATTTCTCTTGCAAACAATCTCATTGACCAAGACACACGTTACAACACCAGTTGTTTAGATAATGCTTATTCGTTGATTCTTGAGCGGTGTTCCACACAAGAATCTTTGTCACAAATCAAGCAAGTCCATGCCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

537 aa · TkA01G566980|TK1151|PROTEIN

MPLTTVKASIIGKISDDNIQSVSKVSRNSVNIYPPRTLNEAFISLANNLIDQDTRYNTSCLDNAYSLILERCSTQESLSQIKQVHAHVLKSCYVVDTTFLSTKLVFAYGKSGFSSDAQKVFDKMPERSIFTWNAMIGSHMTNGEHFEAIELFQSMNALGVQADASTFTSILKACGELEDLCYGIQVHGMATKLGFLSNMYVSNSLLGMYAKCNDSSSAMLMFKLISEKADVVSWNSIISSYSASGKTMEALRLFREMLIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G566980
TK1151 IDTkA01G566980
OH-1004 IDLXL04_001010
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.579 / OH-1004 66.845
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G566980
位置Chr01:142722262-142724169 (+)
描述Similar to PCMP-H83: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At1g71460 含有五肽重复序列的蛋白At1g71460，叶绿体的。 暂无已核实直接文献
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT3G63370
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.575
排名 1 · TkA01G566980 · TK1151
质体0.297
排名 2 · TkA01G566980 · TK1151
细胞核0.038
排名 3 · TkA01G566980 · TK1151
细胞质0.027
排名 4 · TkA01G566980 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA01G566980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N37-177 aa
PF13812PPR_3103-137 aa
PF13041PPR_2104-129 aa
PF01535PPR104-128 aa
PF12854PPR_1104-124 aa
PF13041PPR_2128-174 aa
PF13812PPR_3128-175 aa
PF12854PPR_1129-155 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G566980PF29070MSC6_N371772.5e-0937.5
TkA01G566980PF13812PPR_31031371.2e-2074.0
TkA01G566980PF13041PPR_21041298.3e-55183.4
TkA01G566980PF01535PPR1041283.9e-52171.6
TkA01G566980PF12854PPR_11041247.5e-31106.3
TkA01G566980PF13041PPR_21281748.3e-55183.4
TkA01G566980PF13812PPR_31281751.2e-2074.0
TkA01G566980PF12854PPR_11291557.5e-31106.3
TkA01G566980PF01535PPR1301603.9e-52171.6
TkA01G566980PF23276TPR_241302231e-1558.5
TkA01G566980PF13428TPR_141321560.01416.8
TkA01G566980PF19189Mtf21501790.1212.8
TkA01G566980PF13812PPR_31512081.2e-2074.0
TkA01G566980PF12854PPR_11591737.5e-31106.3
TkA01G566980PF01535PPR1651773.9e-52171.6
TkA01G566980PF17177PPR_long1673277.6e-0832.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M1V3拟南芥sp|Q9M1V3|PP296_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic42.500%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic31.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C9I3拟南芥sp|Q9C9I3|PP115_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460, chloroplastic32.300%Swiss-Prot中等置信
Q9STE1拟南芥sp|Q9STE1|PP333_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130030.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LFI1拟南芥sp|Q9LFI1|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial31.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看