TkA01G320870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G320870

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 79674521-79675687 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1008 bp · TkA01G320870|TK1151|cDNA

ATGGCAGCTTATGCAGCTCTGGTTTCTCTGATGCAAACTATAGAGCAGATCAAGCAACATCCTTGCCCTCCTATCTCTCTTGACAAACAACAAGTTCAATCTCTCACTCAAAAAGTTACTTTCTTGCAAGAATTTCTTGAAGGCCCTTATTCCATGCAGCTTGATGGTGACAGCAACGAAGCAGATCCCTTGGAGATACGCATTGTAGATGCAGCTCATGCCGCTGAAGATATCATCGAATCCAAATTGTCGATCAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · TkA01G320870|TK1151|CDS

ATGGCAGCTTATGCAGCTCTGGTTTCTCTGATGCAAACTATAGAGCAGATCAAGCAACATCCTTGCCCTCCTATCTCTCTTGACAAACAACAAGTTCAATCTCTCACTCAAAAAGTTACTTTCTTGCAAGAATTTCTTGAAGGCCCTTATTCCATGCAGCTTGATGGTGACAGCAACGAAGCAGATCCCTTGGAGATACGCATTGTAGATGCAGCTCATGCCGCTGAAGATATCATCGAATCCAAATTGTCGATCAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · TkA01G320870|TK1151|PROTEIN

MAAYAALVSLMQTIEQIKQHPCPPISLDKQQVQSLTQKVTFLQEFLEGPYSMQLDGDSNEADPLEIRIVDAAHAAEDIIESKLSIKFSMNPYPHVVESVALSSLSALEGQLIGLVLDLQVIITAVEVHNVATVGLDDVSMDVMDKLTRGQSDRQIISIVGMGGIGKTTLARTIYHNQLVVEHFDIRAWVTISQEYKIKGILLKLLQEKGGSLSDKNEHELRGSLSDKNEHELRGSSSDKNEHELGEELHKSLCGRRYLII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G320870`
TK1151 ID	TkA01G320870
OH-1004 ID	LXL04_019637
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	40.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.910 / OH-1004 15.232 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G320870`
位置	Chr01:79674521-79675687 (+)
描述	Similar to R1A-6: Putative late blight resistance protein homolog R1A-6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019637` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程 GO:0051607 defense response to virus 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0043531 ADP binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.377

排名 1 · TkA01G320870 · TK1151

细胞质0.316

排名 2 · TkA01G320870 · TK1151

细胞核0.156

排名 3 · TkA01G320870 · TK1151

内质网0.133

排名 4 · TkA01G320870 · TK1151

溶酶体／液泡0.105

排名 5 · TkA01G320870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25201nSTAND610-37 aa

PF13173AAA_1412-47 aa

PF00005ABC_tran29-42 aa

PF03193RsgA_GTPase123-176 aa

PF03796DnaB_C140-230 aa

PF00931NB-ARC141-325 aa

PF13191AAA_16143-276 aa

PF25201nSTAND6145-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G320870	`PF25201`	nSTAND6	10	37	0.043	14.6
TkA01G320870	`PF13173`	AAA_14	12	47	3.5e-05	24.5
TkA01G320870	`PF00005`	ABC_tran	29	42	0.024	15.9
TkA01G320870	`PF03193`	RsgA_GTPase	123	176	0.11	13.0
TkA01G320870	`PF03796`	DnaB_C	140	230	0.0029	17.8
TkA01G320870	`PF00931`	NB-ARC	141	325	1.7e-40	139.2
TkA01G320870	`PF13191`	AAA_16	143	276	0.00012	23.3
TkA01G320870	`PF25201`	nSTAND6	145	188	0.043	14.6
TkA01G320870	`PF24883`	NPHP3_N	147	266	0.0023	18.8
TkA01G320870	`PF13401`	AAA_22	151	266	7e-06	27.1
TkA01G320870	`PF20720`	nSTAND3	151	179	0.0096	16.3
TkA01G320870	`PF01637`	ATPase_2	151	271	0.03	14.9
TkA01G320870	`PF13173`	AAA_14	153	278	3.5e-05	24.5
TkA01G320870	`PF00005`	ABC_tran	153	176	0.024	15.9
TkA01G320870	`PF13671`	AAA_33	156	195	0.26	12.3
TkA01G320870	`PF05729`	NACHT	156	175	0.35	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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