TkA01G033210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G033210

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 8617462-8624157 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3702 bp · TkA01G033210|TK1151|cDNA

ATGATGCGAAAGATAAGTGAAAATACACATGGGCATCCATTGAAGGACCAGAAGTTCCCTCAATCAGGTAATACAACACCATGTACATCTTGTTCTCTTGGAAAGTTAATTATAAGGCCCTCACCAGTAAAAGTTGAAAATGAATCACCCAAGTTTCTTGAAAGAATTCAAGGTGATATATGTGGACCAATTCATCCACCATCTGGGCCTTTTAGATACTTCATGGTCCTGATAGATGCATCCAGCAGATGGTCTCATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3702 bp · TkA01G033210|TK1151|CDS

ATGATGCGAAAGATAAGTGAAAATACACATGGGCATCCATTGAAGGACCAGAAGTTCCCTCAATCAGGTAATACAACACCATGTACATCTTGTTCTCTTGGAAAGTTAATTATAAGGCCCTCACCAGTAAAAGTTGAAAATGAATCACCCAAGTTTCTTGAAAGAATTCAAGGTGATATATGTGGACCAATTCATCCACCATCTGGGCCTTTTAGATACTTCATGGTCCTGATAGATGCATCCAGCAGATGGTCTCATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1233 aa · TkA01G033210|TK1151|PROTEIN

MMRKISENTHGHPLKDQKFPQSGNTTPCTSCSLGKLIIRPSPVKVENESPKFLERIQGDICGPIHPPSGPFRYFMVLIDASSRWSHVCLLSTRNMAFAKFLAQIIKLRAHFPDYAIKRVRLDNAGEFTSQSFNDYCMAVGIVVEHPVAHVHTQNGLAESLIKRLQLIARPLIMRTKLPVSIWGHAILHVVSLIRIRPSAYHTYSPLQLVFGQEPNISHLRIFGCAVYVPIAPPQRTKMGPQRRLGIYVGYETVSIIRYLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G033210`
TK1151 ID	TkA01G033210
OH-1004 ID	LXL04_009584
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.343 / OH-1004 73.251 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G033210

位置 Chr01:8617462-8624157 (-)

描述 Similar to GIP: Copia protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63640`	类 kinesin 蛋白 KIN-14J。	暂无已核实直接文献
`At5g41310`	类驱动蛋白 KIN-14K。	暂无已核实直接文献
`At1g73860`	类动力蛋白 KIN-14P。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0744000`	类动力蛋白 KIN-14C。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G50100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · TkA01G033210 · TK1151

细胞核0.362

排名 2 · TkA01G033210 · TK1151

线粒体0.117

排名 3 · TkA01G033210 · TK1151

细胞膜0.057

排名 4 · TkA01G033210 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA01G033210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00665rve54-144 aa

PF29688TnsB_C115-165 aa

PF25597SH3_retrovirus224-283 aa

PF07727RVT_2494-532 aa

PF07727RVT_2534-702 aa

PF28496NEAP959-977 aa

PF02183HALZ982-999 aa

PF04508Pox_A_type_inc992-1001 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G033210	`PF00665`	rve	54	144	3.4e-08	34.4
TkA01G033210	`PF29688`	TnsB_C	115	165	0.025	15.1
TkA01G033210	`PF25597`	SH3_retrovirus	224	283	1.9e-07	31.5
TkA01G033210	`PF07727`	RVT_2	494	532	6.1e-43	147.9
TkA01G033210	`PF07727`	RVT_2	534	702	6.1e-43	147.9
TkA01G033210	`PF28496`	NEAP	959	977	1.1	10.3
TkA01G033210	`PF02183`	HALZ	982	999	0.3	12.0
TkA01G033210	`PF04508`	Pox_A_type_inc	992	1001	0.57	10.8
TkA01G033210	`PF28496`	NEAP	1013	1052	1.1	10.3
TkA01G033210	`PF04508`	Pox_A_type_inc	1023	1037	0.57	10.8
TkA01G033210	`PF14775`	NYD-SP28_assoc	1110	1136	0.069	14.0
TkA01G033210	`PF02183`	HALZ	1116	1136	0.3	12.0
TkA01G033210	`PF00225`	Kinesin	1148	1233	2.6e-29	103.0
TkA01G033210	`PF14775`	NYD-SP28_assoc	1207	1231	0.069	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3H6Z8`	拟南芥	sp\|B3H6Z8\|KN14J_ARATH Kinesin-like protein KIN-14J	35.900%	Swiss-Prot	低置信
`F4JX00`	拟南芥	sp\|F4JX00\|KN14K_ARATH Kinesin-like protein KIN-14K	31.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WN69`	拟南芥	sp\|Q0WN69\|KN14P_ARATH Kinesin-like protein KIN-14P	27.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q5JKW1`	水稻	sp\|Q5JKW1\|KN14C_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-14C	32.100%	Swiss-Prot	低置信

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