TkA01G028230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G028230

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7236588-7238110 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1455 bp · TkA01G028230|TK1151|cDNA

ATGACCAGAGACCCACCGCCACCGCCACCACTGAAACGCCTACACATACTCTTCTCCTTCCTTTTCATCACCCTGGTTAAGCTTTCCGGTGCAACTTCACAACAGTTTTTAACGTCCGAGCGATCCATATTGCTTAACCTCAAACAACAATGGGGGAATCCGCCGTCACTGGGGGACTGGAGCGCTTCTTCATCGCCGTGCAACTGGATAGGAGTTTCATGCGACGACGGCTCTGTTACTTCACTCGATCTTAGGAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · TkA01G028230|TK1151|CDS

ATGACCAGAGACCCACCGCCACCGCCACCACTGAAACGCCTACACATACTCTTCTCCTTCCTTTTCATCACCCTGGTTAAGCTTTCCGGTGCAACTTCACAACAGTTTTTAACGTCCGAGCGATCCATATTGCTTAACCTCAAACAACAATGGGGGAATCCGCCGTCACTGGGGGACTGGAGCGCTTCTTCATCGCCGTGCAACTGGATAGGAGTTTCATGCGACGACGGCTCTGTTACTTCACTCGATCTTAGGAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

484 aa · TkA01G028230|TK1151|PROTEIN

MTRDPPPPPPLKRLHILFSFLFITLVKLSGATSQQFLTSERSILLNLKQQWGNPPSLGDWSASSSPCNWIGVSCDDGSVTSLDLRNKKLTGNIPPFICELRNLKYLWVSDNFLVGEFPRVLYNCSRLVEIVISRNGFTGRLPNDIDRLSVVKYIDLGGNNFTGDIPPTIGNLSVLMHLFLNENSFSGSIPSEIGNLSNLLTLELSSNIFAAGEIPPEFMKLRNLTYFNMAQTNRIGKIPESLVKLFDLESLDLSSNNLEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G028230`
TK1151 ID	TkA01G028230
OH-1004 ID	LXL04_005607
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.347 / OH-1004 11.480 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G028230

位置 Chr01:7236588-7238110 (+)

描述 Similar to HSL1: Receptor-like protein kinase HSL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25910`	对抗白粉病病原体所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005607 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28440

ath:AT4G28490

ath:AT4G28650

ath:AT5G65710

mtr:11439632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.813

排名 1 · TkA01G028230 · TK1151

内质网0.084

排名 2 · TkA01G028230 · TK1151

细胞质0.059

排名 3 · TkA01G028230 · TK1151

细胞核0.037

排名 4 · TkA01G028230 · TK1151

细胞外0.030

排名 5 · TkA01G028230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_239-75 aa

PF13855LRR_878-136 aa

PF25013LRR_Zer-178-110 aa

PF00560LRR_179-100 aa

PF12799LRR_479-114 aa

PF13516LRR_679-85 aa

PF29594LRR_SKP279-137 aa

PF23598LRR_1481-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G028230	`PF08263`	LRRNT_2	39	75	2.4e-09	38.0
TkA01G028230	`PF13855`	LRR_8	78	136	5.3e-30	103.7
TkA01G028230	`PF25013`	LRR_Zer-1	78	110	3e-05	24.9
TkA01G028230	`PF00560`	LRR_1	79	100	5.8e-45	142.3
TkA01G028230	`PF12799`	LRR_4	79	114	4.5e-26	91.0
TkA01G028230	`PF13516`	LRR_6	79	85	0.0005	20.6
TkA01G028230	`PF29594`	LRR_SKP2	79	137	0.63	10.0
TkA01G028230	`PF23598`	LRR_14	81	128	5e-27	95.3
TkA01G028230	`PF13855`	LRR_8	101	161	5.3e-30	103.7
TkA01G028230	`PF13516`	LRR_6	101	111	0.0005	20.6
TkA01G028230	`PF00560`	LRR_1	102	124	5.8e-45	142.3
TkA01G028230	`PF30352`	SIMR_M	102	147	0.15	12.0
TkA01G028230	`PF23286`	LRR_13	119	146	0.0034	17.8
TkA01G028230	`PF12799`	LRR_4	126	166	4.5e-26	91.0
TkA01G028230	`PF00560`	LRR_1	127	148	5.8e-45	142.3
TkA01G028230	`PF24758`	LRR_At5g56370	138	186	0.012	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7FZR1`	拟南芥	sp\|Q7FZR1\|RLP52_ARATH Receptor-like protein 52	42.900%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情