LXL04_038922 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038922

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53378436-53379778 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

690 bp · LXL04_038922|LXL04_038922|OH1004|cDNA

ATGGCCGAAAACAATGTTCCAATTACTACTCAACCAGAGATACAATTAAGAGTTGGAATTAACTTGCTAATTGTTTCTCGTTCTTGTTTCCAAAAGGTTCAGAGTGAACAAGAGAGGTTAAAGTACCTACAATTCGTGCAAGTAGCACTACTCCACGCAGTTGTTTATGCATCAAGAGTCTATGGCTACGCTAAAGACAACTCTGGTCCCCTAAAACCTGGCGTAGAGACAATAGAAGGCACTCTCAAGACTGTTGTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

690 bp · LXL04_038922|LXL04_038922|OH1004|CDS

ATGGCCGAAAACAATGTTCCAATTACTACTCAACCAGAGATACAATTAAGAGTTGGAATTAACTTGCTAATTGTTTCTCGTTCTTGTTTCCAAAAGGTTCAGAGTGAACAAGAGAGGTTAAAGTACCTACAATTCGTGCAAGTAGCACTACTCCACGCAGTTGTTTATGCATCAAGAGTCTATGGCTACGCTAAAGACAACTCTGGTCCCCTAAAACCTGGCGTAGAGACAATAGAAGGCACTCTCAAGACTGTTGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

229 aa · LXL04_038922|LXL04_038922|OH1004|PROTEIN

MAENNVPITTQPEIQLRVGINLLIVSRSCFQKVQSEQERLKYLQFVQVALLHAVVYASRVYGYAKDNSGPLKPGVETIEGTLKTVVGPAYDKFYDVPVEVLKFVDRKVDESVTIFDSRVPPLLKEVKTAGMMETASGLAKTAYTKIEPAAKGLYVKYEPVAEQYAASAWHSLNQLPLFLKVAKVVVPTAAYYSEKYNQTVQQSAEKGYKVSSYLPLVPTERIAKVFNNV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038922`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038922

位置 Chr09:53378436-53379778 (-)

描述 Similar to At3g05500: REF/SRPP-like protein At3g05500

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05500`	REF/SRPP 类蛋白 At3g05500。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2Y0H2`	类REF/SRPP蛋白 OsI_017815。	暂无已核实直接文献
`Os05g0151300`	REF/SRPP样蛋白 Os05g0151300/LOC_Os05g05940。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038922 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019915 lipid storage 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05500

dosa:Os05g0151300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438

排名 1 · LXL04_038922 · OH-1004

细胞核0.201

排名 2 · LXL04_038922 · OH-1004

线粒体0.191

排名 3 · LXL04_038922 · OH-1004

细胞膜0.191

排名 4 · LXL04_038922 · OH-1004

内质网0.140

排名 5 · LXL04_038922 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05755.18REF35-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038922	`PF05755.18`	REF	35	227	1.4e-75	254.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MA63`	拟南芥	REF/SRPP-like protein At3g05500	58.605%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Y0H2`	水稻	REF/SRPP-like protein OsI_017815	46.809%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FRA7`	水稻	REF/SRPP-like protein Os05g0151300/LOC_Os05g05940	46.809%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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