LXL04_037978 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037978

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 27260770-27267767 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3570 bp · LXL04_037978|LXL04_037978|OH1004|cDNA

ATGTCATCAAGATCAACTAGCAGGACCCATTGTTCCAGGAGCAGTTCATCAAGATTGAAACGCGATGCTCGAGTGATCTCACAAACCCCAATTGACGCAAAGCTTCATGGAGATTTCGAAGACTCCGAACGACAATTTGACTACTCTACTTCCGTCGACGTCAACGCATCAACGTCAACCAGCAATGTCCCGTCATCGACTGTATCAGCGTACCTTCAAAAAATGCAAAGAGGAACTCTAATCCAGCCTTTCGGTTGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3570 bp · LXL04_037978|LXL04_037978|OH1004|CDS

ATGTCATCAAGATCAACTAGCAGGACCCATTGTTCCAGGAGCAGTTCATCAAGATTGAAACGCGATGCTCGAGTGATCTCACAAACCCCAATTGACGCAAAGCTTCATGGAGATTTCGAAGACTCCGAACGACAATTTGACTACTCTACTTCCGTCGACGTCAACGCATCAACGTCAACCAGCAATGTCCCGTCATCGACTGTATCAGCGTACCTTCAAAAAATGCAAAGAGGAACTCTAATCCAGCCTTTCGGTTGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1189 aa · LXL04_037978|LXL04_037978|OH1004|PROTEIN

MSSRSTSRTHCSRSSSSRLKRDARVISQTPIDAKLHGDFEDSERQFDYSTSVDVNASTSTSNVPSSTVSAYLQKMQRGTLIQPFGCMIAIDEQTLTVLAYSENALEMLDLAPHAVPNIEQQEALTFGTDVRTLFRSSSASALQKAVNFPEINLLNPILVHCRSSGKPFYAILHRNDVGLIIDLEPVNPADVPVTAAGALKSYKLAAKAISRLQSLQSGNITRMCDVLVREVSELTGYDRVMVYKFHEDEHGEVIAECRKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037978`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037978

位置 Chr09:27260770-27267767 (-)

描述 Similar to PHYC: Phytochrome C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g35840`	调节光感受器以两种形式存在，可通过光可逆地相互转换：在光谱的红色区域吸收最大的 Pr 形式和在远红色区域吸收最大的 Pfr 形式。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0752100`	调节光感受器以两种形式存在，可通过光可逆地相互转换：在光谱的红色区域吸收最大的 Pr 形式和在远红色区域吸收最大的 Pfr 形式。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XM23`	调节光感受器以两种形式存在，可通过光可逆地相互转换：在光谱的红色区域吸收最大的 Pr 形式和在远红色区域吸收最大的 Pfr 形式。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009584 detection of visible light 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0017006 protein-tetrapyrrole linkage 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000155 phosphorelay sensor kinase activity 分子功能

GO:0009881 photoreceptor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G35840

dosa:Os03g0752100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.335

排名 1 · LXL04_037978 · OH-1004

细胞核0.248

排名 2 · LXL04_037978 · OH-1004

细胞膜0.183

排名 3 · LXL04_037978 · OH-1004

内质网0.137

排名 4 · LXL04_037978 · OH-1004

高尔基体0.118

排名 5 · LXL04_037978 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08446.18PAS_270-186 aa

PF01590.33GAF221-412 aa

PF00360.27PHY426-600 aa

PF00989.32PAS638-751 aa

PF08448.17PAS_4645-755 aa

PF00989.32PAS768-890 aa

PF02518.32HATPase_c1054-1164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037978	`PF08446.18`	PAS_2	70	186	2.1e-37	128.8
LXL04_037978	`PF01590.33`	GAF	221	412	5.5e-15	56.8
LXL04_037978	`PF00360.27`	PHY	426	600	1e-56	191.9
LXL04_037978	`PF00989.32`	PAS	638	751	2e-34	118.7
LXL04_037978	`PF08448.17`	PAS_4	645	755	1.4e-07	32.4
LXL04_037978	`PF00989.32`	PAS	768	890	2e-34	118.7
LXL04_037978	`PF02518.32`	HATPase_c	1054	1164	2.3e-14	54.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P14714`	拟南芥	Phytochrome C	57.524%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10CQ8`	水稻	Phytochrome C	62.137%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XM23`	水稻	Phytochrome C	62.051%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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