LXL04_032909 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032909

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31550519-31556732 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2724 bp · LXL04_032909|LXL04_032909|OH1004|cDNA

atgatctTGTCTGATTTCCGATTTCAGTTCGAATGCCATTTCCGAAACCCTAGCACATTTGCGATCGAGATGGGCGAGGATCCGAAGGTGGTTCAGAAGATGACCGGTGAGGATCCGAAGGTGCCGTTTAGATTTCTCTTGAAAATGATGGGGACTATGTCTCTTGGTTCTTCCATCGTCATCGAGAAGAAAGGGGCTGTTACTTTGTTGGGTAATGACAAGAATTACCCATGGTTGTCAAAGAagcacaccaagtgttt...

CDS

下载 CDS FASTA

2724 bp · LXL04_032909|LXL04_032909|OH1004|CDS

ATGATCTTGTCTGATTTCCGATTTCAGTTCGAATGCCATTTCCGAAACCCTAGCACATTTGCGATCGAGATGGGCGAGGATCCGAAGGTGGTTCAGAAGATGACCGGTGAGGATCCGAAGGTGCCGTTTAGATTTCTCTTGAAAATGATGGGGACTATGTCTCTTGGTTCTTCCATCGTCATCGAGAAGAAAGGGGCTGTTACTTTGTTGGGTAATGACAAGAATTACCCATGGTTGTCAAAGAAGCACACCAAGTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

907 aa · LXL04_032909|LXL04_032909|OH1004|PROTEIN

MILSDFRFQFECHFRNPSTFAIEMGEDPKVVQKMTGEDPKVPFRFLLKMMGTMSLGSSIVIEKKGAVTLLGNDKNYPWLSKKHTKCLMNCQSEGNVIKPNGVSSHFTKRSVFVNADPGTALLDTERSVLTPNGNVYSGSQNGIGIVNILKGKGFFVTGATGFLGKEKILRTVPDVGKIYLLIKAKDTDAAMERLKNEIINTELFKSLQQAYGKSYQSFMLSKLIPVIGNVCESNLGLDEDTAEIIARDVDIIVNSAANTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032909`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032909

位置 Chr07:31550519-31556732 (+)

描述 Similar to FAR2: Fatty acyl-CoA reductase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11980`	催化脂肪酰辅酶A和-ACP底物还原为脂肪醇。	Biochemical characteristics of AtFAR2, a fatty acid reductase from Arabidopsis thaliana that reduces fatty acyl-CoA and -ACP substrates into fatty alcohols.2016 · DOI: 10.18388/abp.2016_1245
`At3g56700`	催化脂酰辅酶A（fatty acyl-CoA）和脂酰载体蛋白（ACP）底物还原为脂肪醇。	Biochemical characterization of a chloroplast localized fatty acid reductase from Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2011.10.019
`At3g44540`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822
`At5g22500`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822
`At3g44550`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822 Identification of amino acids conferring chain length substrate specificities on fatty alcohol-forming reductases FAR5 and FAR8 from Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.499715

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032909 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0035336 long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:1903175 fatty alcohol biosynthetic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016628 oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

GO:0080019 alcohol-forming very long-chain fatty acyl-CoA reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11980

ath:AT3G44540

ath:AT3G44550

ath:AT3G56700

ath:AT5G22500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.468

排名 1 · LXL04_032909 · OH-1004

细胞质0.229

排名 2 · LXL04_032909 · OH-1004

过氧化物酶体0.131

排名 3 · LXL04_032909 · OH-1004

细胞核0.087

排名 4 · LXL04_032909 · OH-1004

线粒体0.082

排名 5 · LXL04_032909 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase155-306 aa

PF07993.19NAD_binding_4156-461 aa

PF03015.25Sterile563-634 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032909	`PF01370.28`	Epimerase	155	306	3.8e-09	37.0
LXL04_032909	`PF07993.19`	NAD_binding_4	156	461	1e-72	245.1
LXL04_032909	`PF03015.25`	Sterile	563	634	2.3e-17	63.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q08891`	拟南芥	Fatty acyl-CoA reductase 2, chloroplastic	61.092%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9TSP7`	拟南芥	Fatty acyl-CoA reductase 6, chloroplastic	43.727%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LXN3`	拟南芥	Probable fatty acyl-CoA reductase 4	38.218%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39152`	拟南芥	Fatty acyl-CoA reductase 1	39.683%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WRB0`	拟南芥	Probable fatty acyl-CoA reductase 5	40.278%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情