RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_032055
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 15742068-15742550 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

483 bp · LXL04_032055|LXL04_032055|OH1004|cDNA

ATGTCGTCTTCGAAATCAAAGGTCATCGTTTTGAGGAGTTCTGATGGTGAGATGTTCGAGATTGACGAAGCGGTGGCGGTGGAGTCTCAGATGATCAAGCACATGATCGAAGACGGCTGCGCTGACACAATCATCCCTCTCCCCAATGTAACAAGCCAGATCCTCTCGAAGGTAATTGAATACTGTAAGAAGCATGTGGAGAAACCAGAAACTGATGATAAGAAGAAGACCGTCGAAGAGGATCTGGATTCGTTTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · LXL04_032055|LXL04_032055|OH1004|CDS

ATGTCGTCTTCGAAATCAAAGGTCATCGTTTTGAGGAGTTCTGATGGTGAGATGTTCGAGATTGACGAAGCGGTGGCGGTGGAGTCTCAGATGATCAAGCACATGATCGAAGACGGCTGCGCTGACACAATCATCCCTCTCCCCAATGTAACAAGCCAGATCCTCTCGAAGGTAATTGAATACTGTAAGAAGCATGTGGAGAAACCAGAAACTGATGATAAGAAGAAGACCGTCGAAGAGGATCTGGATTCGTTTGATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

160 aa · LXL04_032055|LXL04_032055|OH1004|PROTEIN

MSSSKSKVIVLRSSDGEMFEIDEAVAVESQMIKHMIEDGCADTIIPLPNVTSQILSKVIEYCKKHVEKPETDDKKKTVEEDLDSFDAEFVKVDGETLFDLILAANYLNIKYLLNLTCQAAADVMKGKSPEEIRKIFNIKNDFTPEEEAEVRSGENAWAFE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_032055
TK1151 IDTkA08G145990
OH-1004 IDLXL04_032055
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)88.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.375
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_032055
位置Chr07:15742068-15742550 (+)
描述Similar to ASK4: SKP1-like protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20140 参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At2g25700 参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At5g42190 参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At1g75950 参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
The Arabidopsis SKP1-LIKE1 gene is essential for male meiosis and may control homologue separation.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.20.11416
The ASK1 gene regulates development and interacts with the UFO gene to control floral organ identity in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1002/(sici)1520-6408(1999)25:3<209::aid-dvg4>3.0.co;2-o
The ASK1 gene regulates B function gene expression in cooperation with UFO and LEAFY in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1242/dev.128.14.2735
Members of the Arabidopsis-SKP1-like gene family exhibit a variety of expression patterns and may play diverse roles in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.024703
The ASK1 and ASK2 genes are essential for Arabidopsis early development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017772

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0539500 参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032055 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程
GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007059 chromosome segregation 生物过程
GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20140
ath:AT1G75950
ath:AT2G25700
ath:AT5G42190
dosa:Os09g0539500
osa:4347721
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.703
排名 1 · LXL04_032055 · OH-1004
细胞核0.402
排名 2 · LXL04_032055 · OH-1004
线粒体0.067
排名 3 · LXL04_032055 · OH-1004
细胞膜0.066
排名 4 · LXL04_032055 · OH-1004
内质网0.041
排名 5 · LXL04_032055 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03931.22Skp1_POZ7-66 aa
PF01466.25Skp1110-158 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_032055PF03931.22Skp1_POZ7662.5e-2898.7
LXL04_032055PF01466.25Skp11101583.6e-2485.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LNT9拟南芥SKP1-like protein 465.455%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SL93拟南芥SKP1-like protein 363.030%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FHW7拟南芥SKP1-like protein 1B65.497%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q39255拟南芥SKP1-like protein 1A66.038%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q651E8水稻SKP1-like protein 2065.269%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看