LXL04_032040 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032040

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 15411932-15415074 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · LXL04_032040|LXL04_032040|OH1004|cDNA

ATGGTCATATTTCAGATTTCAACACATGGAAGAGCCAGTGTTGCAAAAGGGGGGGATTTGTGTATGAATCGAAGATGGGTCGAGCATGATCCGATGGAGATTCTTGAAAGTGTGAAAACTTGCATAACGAAGGCCGTTAGTAAAGCTACGGCTGATGGGTTTAATGTCGATAATGGTCTTAAAGCAATTGGTATTACTAATCAGAGGGAAACTACTGTGGTTTGGAGCAAGTCTACGGGGGCTGCTCTTTATAACGCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · LXL04_032040|LXL04_032040|OH1004|CDS

ATGGTCATATTTCAGATTTCAACACATGGAAGAGCCAGTGTTGCAAAAGGGGGGGATTTGTGTATGAATCGAAGATGGGTCGAGCATGATCCGATGGAGATTCTTGAAAGTGTGAAAACTTGCATAACGAAGGCCGTTAGTAAAGCTACGGCTGATGGGTTTAATGTCGATAATGGTCTTAAAGCAATTGGTATTACTAATCAGAGGGAAACTACTGTGGTTTGGAGCAAGTCTACGGGGGCTGCTCTTTATAACGCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · LXL04_032040|LXL04_032040|OH1004|PROTEIN

MVIFQISTHGRASVAKGGDLCMNRRWVEHDPMEILESVKTCITKAVSKATADGFNVDNGLKAIGITNQRETTVVWSKSTGAALYNAIVWMDNRTTSICRKLEKELSGGKTHFVESCGLPISTYFSALKLLWLLENVDAVKSAVEKGDALFGTIDSWLIWNLTGGIDNGVHVTDVSNASRTMLMNLKTLNWDESTLKTLNIPKSILPKIVSNSEVIGHIGKKWVIPGIPISGCLGDQHAAMLGQSCRKGEAKSTYGTGAFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032040`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032040

位置 Chr07:15411932-15415074 (-)

描述 Similar to GLPK: Glycerol kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80460`	调节甘油摄取和代谢的关键酶。	Arabidopsis NHO1 is required for general resistance against Pseudomonas bacteria.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.2.437 Interplay of the Arabidopsis nonhost resistance gene NHO1 with bacterial virulence.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0637377100 Glycerol-insensitive Arabidopsis mutants: gli1 seedlings lack glycerol kinase, accumulate glycerol and are more resistant to abiotic stress.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2003.01989.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032040 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006071 glycerol metabolic process 生物过程

GO:0006072 glycerol-3-phosphate metabolic process 生物过程

GO:0006641 triglyceride metabolic process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010188 response to microbial phytotoxin 生物过程

GO:0019563 glycerol catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046167 glycerol-3-phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004370 glycerol kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80460

cmi:CMM_1831

mra:MRA_3731

mtc:MT3798

mtu:Rv3696c

mtv:RVBD_3696c

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.683

排名 1 · LXL04_032040 · OH-1004

细胞核0.227

排名 2 · LXL04_032040 · OH-1004

过氧化物酶体0.112

排名 3 · LXL04_032040 · OH-1004

线粒体0.090

排名 4 · LXL04_032040 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 5 · LXL04_032040 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00370.28FGGY_N24-242 aa

PF02782.23FGGY_C251-449 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032040	`PF00370.28`	FGGY_N	24	242	1.2e-58	199.4
LXL04_032040	`PF02782.23`	FGGY_C	251	449	7.4e-44	150.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8L4`	拟南芥	Glycerol kinase	81.761%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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