LXL04_031047 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031047

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 127222197-127224922 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · LXL04_031047|LXL04_031047|OH1004|cDNA

ATGTCTCTGGGCTACGCAGAGAAGCTTTCTTACATAGAGGATGTTGGCAATGTCGGAATGACTGAAATTTTTGATCCACCTCGCATCTTACAAGAGAAGATTGAGAGGCTTACAATGATGATTCGCAAGAGTAAGCATTTAGTTGTGTTTACTGGAGCTGGTATATCAACTTCTTGTGGTATACCTGATTTTCGTGGGCCCACAGGGATTTGGACACTTCAGAAGGGAGGCAATTCCTTGCCAGAAGCATCACTCCCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · LXL04_031047|LXL04_031047|OH1004|CDS

ATGTCTCTGGGCTACGCAGAGAAGCTTTCTTACATAGAGGATGTTGGCAATGTCGGAATGACTGAAATTTTTGATCCACCTCGCATCTTACAAGAGAAGATTGAGAGGCTTACAATGATGATTCGCAAGAGTAAGCATTTAGTTGTGTTTACTGGAGCTGGTATATCAACTTCTTGTGGTATACCTGATTTTCGTGGGCCCACAGGGATTTGGACACTTCAGAAGGGAGGCAATTCCTTGCCAGAAGCATCACTCCCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · LXL04_031047|LXL04_031047|OH1004|PROTEIN

MSLGYAEKLSYIEDVGNVGMTEIFDPPRILQEKIERLTMMIRKSKHLVVFTGAGISTSCGIPDFRGPTGIWTLQKGGNSLPEASLPFHRAMPSMTHMALVELERAGILKFVISQNIDGLHLRSGIPREKLSELHGNSFMERCSSCGVEYFRDFEVESVGLKETSRRCSNGDCDVKLKDTVLDWEDALPPEEMNPAEVHCEKADVVLCLGTSLQITPACNLPLKCLRGGGKVVIVNLQKTPKDKKASMVIHGFVDKVIGGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031047`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031047

位置 Chr06:127222197-127224922 (+)

描述 Similar to SRT1: NAD-dependent protein deacetylase SRT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55760`	NAD 依赖型蛋白去乙酰化酶（通过相似性）。	Histone Deacetylases SRT1 and SRT2 Interact with ENAP1 to Mediate Ethylene-Induced Transcriptional Repression.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00671

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0271000`	NAD依赖的蛋白脱乙酰酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8ARK7`	NAD依赖的蛋白脱乙酰酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010526 transposable element silencing 生物过程

GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0019216 regulation of lipid metabolic process 生物过程

GO:0031508 pericentric heterochromatin formation 生物过程

GO:0031509 subtelomeric heterochromatin formation 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55760

dosa:Os04g0271000

osa:4335342

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.635

排名 1 · LXL04_031047 · OH-1004

细胞质0.321

排名 2 · LXL04_031047 · OH-1004

线粒体0.086

排名 3 · LXL04_031047 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 4 · LXL04_031047 · OH-1004

内质网0.034

排名 5 · LXL04_031047 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02146.24SIR252-73 aa

PF02146.24SIR287-216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031047	`PF02146.24`	SIR2	52	73	4.1e-28	99.2
LXL04_031047	`PF02146.24`	SIR2	87	216	4.1e-28	99.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FE17`	拟南芥	NAD-dependent protein deacetylase SRT1	65.474%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XWV4`	水稻	NAD-dependent protein deacetylase SRT1	59.341%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8ARK7`	水稻	NAD-dependent protein deacetylase SRT1	59.121%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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