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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_030572
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118812526-118814094 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1569 bp · LXL04_030572|LXL04_030572|OH1004|cDNA

ATGCCTCGACCTTCTCCGCCGTTAATGGCGGCTCATCTTCGGATCCTACTCCGCCGTCGTTACTTCTCCACATCATTATCACCCCTGACGCCGCTGCAATCAATCCACCATTCTCTCCACCCCCATAAACCCTCACTCCCTAAACCCTACTCCCTTTGTACACCATTTTCACCTTTCTCTAAATTCTTCTCTTCCCAAACGGAAATCGAAACACCGGTTGAAGATTCACAAGACATTGCGAAATCTCTCTCGTATGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1569 bp · LXL04_030572|LXL04_030572|OH1004|CDS

ATGCCTCGACCTTCTCCGCCGTTAATGGCGGCTCATCTTCGGATCCTACTCCGCCGTCGTTACTTCTCCACATCATTATCACCCCTGACGCCGCTGCAATCAATCCACCATTCTCTCCACCCCCATAAACCCTCACTCCCTAAACCCTACTCCCTTTGTACACCATTTTCACCTTTCTCTAAATTCTTCTCTTCCCAAACGGAAATCGAAACACCGGTTGAAGATTCACAAGACATTGCGAAATCTCTCTCGTATGAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

522 aa · LXL04_030572|LXL04_030572|OH1004|PROTEIN

MPRPSPPLMAAHLRILLRRRYFSTSLSPLTPLQSIHHSLHPHKPSLPKPYSLCTPFSPFSKFFSSQTEIETPVEDSQDIAKSLSYELLKDPNDQPIPLPHRLDLSFSHITLTSDIILATLNLSPESGRTALDFHKWVSTRTDFKLTDETLAYFIDYFGRRKDFKATHELLIASKGISGIKTFESSIDRLVRAGRPTQVVSFFDKMESDYAFVRNMDSLKFIVSKLCEHGYASYAEKMVTNLANEFFPDEFICDTLIKGWC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_030572
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_030572
位置Chr06:118812526-118814094 (-)
描述Similar to PNM1: Pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60960 RNA 结合蛋白，在线粒体和细胞核中发挥作用。
An Arabidopsis dual-localized pentatricopeptide repeat protein interacts with nuclear proteins involved in gene expression regulation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081638
At5g61370 含五聚肽重复的线粒体蛋白 At5g61370。 暂无已核实直接文献
At1g20300 含五肽重复的蛋白 At1g20300，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g13420 含五聚肽重复结构的蛋白 At2g13420，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030572 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20300
ath:AT3G53700
ath:AT5G60960
ath:AT5G61370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.778
排名 1 · LXL04_030572 · OH-1004
质体0.103
排名 2 · LXL04_030572 · OH-1004
细胞核0.073
排名 3 · LXL04_030572 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_030572 · OH-1004
细胞膜0.011
排名 5 · LXL04_030572 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854.14PPR_1245-275 aa
PF13041.13PPR_2247-296 aa
PF13041.13PPR_2309-338 aa
PF13812.13PPR_3313-369 aa
PF12854.14PPR_1321-353 aa
PF13041.13PPR_2325-371 aa
PF01535.27PPR328-357 aa
PF29070.1MSC6_N347-440 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_030572PF12854.14PPR_12452753.6e-2381.7
LXL04_030572PF13041.13PPR_22472961.1e-37128.6
LXL04_030572PF13041.13PPR_23093381.1e-37128.6
LXL04_030572PF13812.13PPR_33133695.7e-1762.3
LXL04_030572PF12854.14PPR_13213533.6e-2381.7
LXL04_030572PF13041.13PPR_23253711.1e-37128.6
LXL04_030572PF01535.27PPR3283574e-2380.7
LXL04_030572PF29070.1MSC6_N3474402.4e-0937.5
LXL04_030572PF13812.13PPR_34014425.7e-1762.3
LXL04_030572PF13041.13PPR_24044441.1e-37128.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FME4拟南芥Small ribosomal subunit protein mL104 (rPPR9)61.155%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FLJ6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61370, mitochondrial27.660%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LN22拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial27.386%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WP85拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13420, mitochondrial26.216%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic27.378%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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