LXL04_029869 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029869

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 102538283-102540107 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_029869|LXL04_029869|OH1004|cDNA

ATGATGAAATGTTTCAGTATTTTCAGTTCCAGAACGAAGAGAAGAGGAAAATCTTCACCGGAGCTCCGGGAGCAAAACCCATCAACAAAACCATCCACAAGATTAGTAAAGTCGACAGGATCAATCGTTTCACCAAGAACAATACCGGAATTGTACAGAGAAAAAGGACATAATTTGACCAAGTTTTCGTTTTCAGTGCTCAGAAATGCTACTAATAACTTCAATAGATCGttaaaaatcggagaaggtGGATTCGGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · LXL04_029869|LXL04_029869|OH1004|CDS

ATGATGAAATGTTTCAGTATTTTCAGTTCCAGAACGAAGAGAAGAGGAAAATCTTCACCGGAGCTCCGGGAGCAAAACCCATCAACAAAACCATCCACAAGATTAGTAAAGTCGACAGGATCAATCGTTTCACCAAGAACAATACCGGAATTGTACAGAGAAAAAGGACATAATTTGACCAAGTTTTCGTTTTCAGTGCTCAGAAATGCTACTAATAACTTCAATAGATCGTTAAAAATCGGAGAAGGTGGATTCGGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · LXL04_029869|LXL04_029869|OH1004|PROTEIN

MMKCFSIFSSRTKRRGKSSPELREQNPSTKPSTRLVKSTGSIVSPRTIPELYREKGHNLTKFSFSVLRNATNNFNRSLKIGEGGFGSVYKGSIKPPGGQGEPLVVAIKKLNRNGMQGHKEWLAEVQFLGVVEHPNLVKLLGYCSTDGERGIQRLLVYEYMPNKSLEDHLFSRAFPPIPWKRRLQILHGAAQGLAYLHEGLEIQVIFRDFKSSNVLLDENFNPKLSDFGLAREGPQGDQSHVSTMPVGTYGYAAPEYVETG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029869`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029869

位置 Chr06:102538283-102540107 (+)

描述 Similar to PBL19: Probable serine/threonine-protein kinase PBL19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47070`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At4g17660`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g09830`	参与早期免疫反应的激活。	The receptor-like cytoplasmic kinase PCRK1 contributes to pattern-triggered immunity against Pseudomonas syringae in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/nph.13345 Functional characterization of PCRK1, a putative protein kinase with a role in immunity.2015 · DOI: 10.1080/15592324.2015.1063759
`At5g03320`	与 PCRK1 在对细菌病原体的基础抗性及植物免疫调控中功能冗余。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0110900`	在介导先天免疫的微生物肽聚糖和真菌几丁质信号通路中的 CERK1 下游发挥作用。	OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029869 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09830

ath:AT4G17660

ath:AT5G03320

ath:AT5G47070

dosa:Os05g0110900

osa:4337593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.674

排名 1 · LXL04_029869 · OH-1004

细胞质0.264

排名 2 · LXL04_029869 · OH-1004

细胞核0.239

排名 3 · LXL04_029869 · OH-1004

内质网0.039

排名 4 · LXL04_029869 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 5 · LXL04_029869 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase76-353 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr78-355 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029869	`PF00069.32`	Pkinase	76	353	4.5e-45	154.8
LXL04_029869	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	78	355	6.5e-47	160.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTC0`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL19	57.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JPX3`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL20	54.476%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SF86`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase PCRK1	49.860%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZF8`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase PCRK2	49.733%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q65XV8`	水稻	Receptor-like cytoplasmic kinase 176	50.904%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情