LXL04_029271 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029271

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 85677126-85678610 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1485 bp · LXL04_029271|LXL04_029271|OH1004|cDNA

ATGGAGACTGTACCTTTCAGGCACCCACGTCAGATTATCCCTTTATCATCACAACCCTTACAACAACAACTATCTCAACATCGACAAATTGAAAAAACCCCAAAACAATTCCGATCATACCATGATGCCCTCGATTTATCGCCAAGAGCAAGAACTCTTTGCGAAATACTTGCTAGGGTTTTTCCGGCGGAGGTTGAAACCGCATTATCAGTGACAGGAATGAACCCGGAGCCTGAAGTGGTAGAAGAAGTGTTGAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1485 bp · LXL04_029271|LXL04_029271|OH1004|CDS

ATGGAGACTGTACCTTTCAGGCACCCACGTCAGATTATCCCTTTATCATCACAACCCTTACAACAACAACTATCTCAACATCGACAAATTGAAAAAACCCCAAAACAATTCCGATCATACCATGATGCCCTCGATTTATCGCCAAGAGCAAGAACTCTTTGCGAAATACTTGCTAGGGTTTTTCCGGCGGAGGTTGAAACCGCATTATCAGTGACAGGAATGAACCCGGAGCCTGAAGTGGTAGAAGAAGTGTTGAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

494 aa · LXL04_029271|LXL04_029271|OH1004|PROTEIN

METVPFRHPRQIIPLSSQPLQQQLSQHRQIEKTPKQFRSYHDALDLSPRARTLCEILARVFPAEVETALSVTGMNPEPEVVEEVLKFSYGSPEATLIFFKWVGLKQKLWPSTWNLIIDLLGKNQMFERMWDAIRSMKLDGYVLSLTTFVSVFGSYCEAGRFNEAITAFNMMEKYGVKPDVVVLNSLLNAICGEDSQKTELAVEFFEKIKTQIPPDADSFAILLQGLEKERNVAKAKTMFGEMVIRVGWSPENMSAYEAFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029271`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029271

位置 Chr06:85677126-85678610 (+)

描述 Similar to At1g77360: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77360`	含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g71060`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g62540`	含五聚体重复蛋白 At3g62540，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g14820`	含五肽重复序列的蛋白At5g14820，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g62470`	含五肽重复的蛋白 At3g62470，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029271 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71060

ath:AT1G77360

ath:AT3G62540

ath:AT5G14820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.684

排名 1 · LXL04_029271 · OH-1004

质体0.218

排名 2 · LXL04_029271 · OH-1004

细胞核0.066

排名 3 · LXL04_029271 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_029271 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_029271 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N121-238 aa

PF23276.3TPR_24121-240 aa

PF13041.13PPR_2147-191 aa

PF13041.13PPR_2178-226 aa

PF17177.11PPR_long294-465 aa

PF13812.13PPR_3314-366 aa

PF12854.14PPR_1319-349 aa

PF13041.13PPR_2321-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029271	`PF29070.1`	MSC6_N	121	238	8.8e-17	62.0
LXL04_029271	`PF23276.3`	TPR_24	121	240	3.4e-16	60.1
LXL04_029271	`PF13041.13`	PPR_2	147	191	1.4e-38	131.5
LXL04_029271	`PF13041.13`	PPR_2	178	226	1.4e-38	131.5
LXL04_029271	`PF17177.11`	PPR_long	294	465	5e-10	39.8
LXL04_029271	`PF13812.13`	PPR_3	314	366	5e-15	56.1
LXL04_029271	`PF12854.14`	PPR_1	319	349	2.7e-19	69.3
LXL04_029271	`PF13041.13`	PPR_2	321	368	1.4e-38	131.5
LXL04_029271	`PF13041.13`	PPR_2	356	392	1.4e-38	131.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial	29.067%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9A2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial	28.795%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3EAF8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62540, mitochondrial	26.757%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LEQ7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14820, mitochondrial	26.757%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZP3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62470, mitochondrial	26.304%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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