LXL04_028783 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028783

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 62849963-62857998 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3327 bp · LXL04_028783|LXL04_028783|OH1004|cDNA

ATGAAGCGTTTTGTGTATGTCAATGACGACGATTCCTCCCATGAGCTTTACTGTGATAACCGTATATCCAACAGAAAGTACACATTGCTAAATTTTCTCCCCAAAAATCTATGGGAACAGTTCAGCCGGTTCATGAACCAATACTTTTTGTTGATCGCTTGTCTTCAACTATGGCCGCTTATAACGCCAGTAAACCCCGCTAGTACGTGGGGTCCGCTCATATTTATCTTCGCAGTCTCAGCAACAAAAGAGGCATGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3327 bp · LXL04_028783|LXL04_028783|OH1004|CDS

ATGAAGCGTTTTGTGTATGTCAATGACGACGATTCCTCCCATGAGCTTTACTGTGATAACCGTATATCCAACAGAAAGTACACATTGCTAAATTTTCTCCCCAAAAATCTATGGGAACAGTTCAGCCGGTTCATGAACCAATACTTTTTGTTGATCGCTTGTCTTCAACTATGGCCGCTTATAACGCCAGTAAACCCCGCTAGTACGTGGGGTCCGCTCATATTTATCTTCGCAGTCTCAGCAACAAAAGAGGCATGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1108 aa · LXL04_028783|LXL04_028783|OH1004|PROTEIN

MKRFVYVNDDDSSHELYCDNRISNRKYTLLNFLPKNLWEQFSRFMNQYFLLIACLQLWPLITPVNPASTWGPLIFIFAVSATKEAWDDYNRYLSDKKANEKQVWVVRQGSKKLIQAQEIHVGNLVWLRENDEVPCDLVLLGTSEPQGVCYVETAALDGETDLKTRNIPPACMGIDSELLHKIKARYGYRGVMECPLPDKDIRRFDANVRLFPPFLDNDVCPLSIKNTILQSCYLRNTEWACGVAVYTGNETKMGMSRGVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028783`
TK1151 ID	TkA07G213750
OH-1004 ID	LXL04_028783
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.098 / OH-1004 75.361 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028783

位置 Chr06:62849963-62857998 (+)

描述 Similar to ALA2: Phospholipid-transporting ATPase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44240`	参与磷脂的运输。	Intracellular targeting signals and lipid specificity determinants of the ALA/ALIS P4-ATPase complex reside in the catalytic ALA alpha-subunit.2010 · DOI: 10.1091/mbc.e09-08-0656

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028783 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0045332 phospholipid translocation 生物过程

GO:0061092 positive regulation of phospholipid translocation 生物过程

GO:0140331 aminophospholipid translocation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G44240

bta:317692

hsa:10396

hsa:79895

mmu:11980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.418

排名 1 · LXL04_028783 · OH-1004

内质网0.279

排名 2 · LXL04_028783 · OH-1004

细胞质0.228

排名 3 · LXL04_028783 · OH-1004

高尔基体0.213

排名 4 · LXL04_028783 · OH-1004

溶酶体／液泡0.149

排名 5 · LXL04_028783 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16209.11PhoLip_ATPase_N5-70 aa

PF00122.26E1-E2_ATPase99-162 aa

PF13246.13Cation_ATPase435-625 aa

PF00702.33Hydrolase567-774 aa

PF16212.12PhoLip_ATPase_C788-1025 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028783	`PF16209.11`	PhoLip_ATPase_N	5	70	1.5e-25	89.4
LXL04_028783	`PF00122.26`	E1-E2_ATPase	99	162	3.7e-07	30.6
LXL04_028783	`PF13246.13`	Cation_ATPase	435	625	5.8e-17	62.8
LXL04_028783	`PF00702.33`	Hydrolase	567	774	2.1e-12	48.5
LXL04_028783	`PF16212.12`	PhoLip_ATPase_C	788	1025	1.1e-64	219.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P98205`	拟南芥	Phospholipid-transporting ATPase 2	82.251%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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