LXL04_027298 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027298

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 12777452-12780318 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1793 bp · LXL04_027298|LXL04_027298|OH1004|cDNA

ATGATGTGTGGCTTGATCGATCTGAACACCGTTAACGAAGACGATACCGACAACGTTTCGACGTCGACATCGTCTTCTAACGCTTCCGGTTCCATTACTGCTCCTACTCCGGCACCGGTGGGTTCTGATTTAGCTTCTACTCCGGTGGTGTGCTGCTTGGAGTTGTGGCACGCTTGTGCCGGACCTCTGGTATCGTTACCGAAGAAAGGAAACGCCGTCGTGTACTGCCCGCAAGGCCACCTCGAACAGCTACAATCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · LXL04_027298|LXL04_027298|OH1004|CDS

ATGATGTGTGGCTTGATCGATCTGAACACCGTTAACGAAGACGATACCGACAACGTTTCGACGTCGACATCGTCTTCTAACGCTTCCGGTTCCATTACTGCTCCTACTCCGGCACCGGTGGGTTCTGATTTAGCTTCTACTCCGGTGGTGTGCTGCTTGGAGTTGTGGCACGCTTGTGCCGGACCTCTGGTATCGTTACCGAAGAAAGGAAACGCCGTCGTGTACTGCCCGCAAGGCCACCTCGAACAGCTACAATCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

593 aa · LXL04_027298|LXL04_027298|OH1004|PROTEIN

MMCGLIDLNTVNEDDTDNVSTSTSSSNASGSITAPTPAPVGSDLASTPVVCCLELWHACAGPLVSLPKKGNAVVYCPQGHLEQLQSNGDCPTSGDCNLPPHVFCSVLDVKLHAEAGTDDVYAQVTLIQDPQLEQNWREGGRKVESTEDDTGAAEKSTTPHMFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEDCFPPLDYKQQRPSQELVAKDLHGTEWKFRHIYRGQPRRHLLTTGWSAYVNKKKLVCGDAVLFLRGDDGVLRLGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027298`
TK1151 ID	TkA07G044970
OH-1004 ID	LXL04_027298
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027298

位置 Chr06:12777452-12780318 (-)

描述 Similar to ARF3: Auxin response factor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33860`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0670800`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os05g0563400`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0753500`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os05g0515400`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027298 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33860

dosa:Os01g0670800

dosa:Os01g0753500

dosa:Os05g0515400

dosa:Os05g0563400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · LXL04_027298 · OH-1004

细胞质0.076

排名 2 · LXL04_027298 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_027298 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_027298 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_027298 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3162-263 aa

PF25313.2BRWD_AD292-390 aa

PF06507.20ARF_AD310-389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027298	`PF02362.27`	B3	162	263	8.5e-22	77.7
LXL04_027298	`PF25313.2`	BRWD_AD	292	390	1.9e-06	28.7
LXL04_027298	`PF06507.20`	ARF_AD	310	389	2.4e-31	108.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23661`	拟南芥	Auxin response factor 3	53.282%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JKI9`	水稻	Auxin response factor 2	44.023%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S985`	水稻	Auxin response factor 15	51.318%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JMM1`	水稻	Auxin response factor 3	48.697%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0DGS1`	水稻	Auxin response factor 14	50.533%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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