LXL04_027230 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027230

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 11351874-11357170 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2838 bp · LXL04_027230|LXL04_027230|OH1004|cDNA

ATGTATAAATCGGTGGTGGCTGTTTATGATGGTGAAAAAGTCATCGGTGATGTTGAGGTTTATTTTAATCCTCATCTGATGAATCTGAATATGAGAGAGAAACTGAAAGACAAAATCAGGATTTCGTACTATTCGACACCAAGTGAGAGGTGCTCGCCACTTGCTGTTCTTCACACAATTACTTCACCAACAACTGGGGTTTGCTTGAAAATGGAGTCCAGCAAAACCATCAACTCGAACTCGCAGCTCAACCTTTTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2838 bp · LXL04_027230|LXL04_027230|OH1004|CDS

ATGTATAAATCGGTGGTGGCTGTTTATGATGGTGAAAAAGTCATCGGTGATGTTGAGGTTTATTTTAATCCTCATCTGATGAATCTGAATATGAGAGAGAAACTGAAAGACAAAATCAGGATTTCGTACTATTCGACACCAAGTGAGAGGTGCTCGCCACTTGCTGTTCTTCACACAATTACTTCACCAACAACTGGGGTTTGCTTGAAAATGGAGTCCAGCAAAACCATCAACTCGAACTCGCAGCTCAACCTTTTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

945 aa · LXL04_027230|LXL04_027230|OH1004|PROTEIN

MYKSVVAVYDGEKVIGDVEVYFNPHLMNLNMREKLKDKIRISYYSTPSERCSPLAVLHTITSPTTGVCLKMESSKTINSNSQLNLLHSTCLRENKTAVVSYGGEELHLVAMRSRRNDMFPCFWGFSIPPGLYESCLVMLNLRCLGIVFDLDETLIVANTLRSFEDRIEALQRKVNCEVDPQRVAGMLGEIKRYQDDRNILKQYADSDQVVDNGKILKAQSEVVPPLSDNHQPLVRPLIRLQDKNIILTRINPLIRDTSVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027230`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027230

位置 Chr06:11351874-11357170 (+)

描述 Similar to CPL1: RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21670`	连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。	Fusion genetic analysis of jasmonate-signalling mutants in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01241.x C-terminal domain phosphatase-like family members (AtCPLs) differentially regulate Arabidopsis thaliana abiotic stress signaling, growth, and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.112276199 Repression of stress-responsive genes by FIERY2, a novel transcriptional regulator in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.162111599 Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101 CTD phosphatases in the attenuation of wound-induced transcription of jasmonic acid biosynthetic genes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03663.x The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625 The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751 The RNA Polymerase II C-Terminal Domain Phosphatase-Like Protein FIERY2/CPL1 Interacts with eIF4AIII and Is Essential for Nonsense-Mediated mRNA Decay in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00771
`At5g01270`	连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。	Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101 The Arabidopsis thaliana carboxyl-terminal domain phosphatase-like 2 regulates plant growth, stress and auxin responses.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9348-y A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114 Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027230 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G21670

ath:AT5G01270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.611

排名 1 · LXL04_027230 · OH-1004

细胞质0.427

排名 2 · LXL04_027230 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 3 · LXL04_027230 · OH-1004

线粒体0.048

排名 4 · LXL04_027230 · OH-1004

内质网0.037

排名 5 · LXL04_027230 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28898.1SPOC_CPL1_21-126 aa

PF03031.25NIF254-358 aa

PF00035.33dsrm717-756 aa

PF00035.33dsrm829-891 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027230	`PF28898.1`	SPOC_CPL1_2	1	126	9.6e-44	149.1
LXL04_027230	`PF03031.25`	NIF	254	358	3.3e-09	37.3
LXL04_027230	`PF00035.33`	dsrm	717	756	2e-14	54.6
LXL04_027230	`PF00035.33`	dsrm	829	891	2e-14	54.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5YDB6`	拟南芥	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1	53.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5YDB5`	拟南芥	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 2	46.304%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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