LXL04_024112 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024112

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81300744-81301253 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

510 bp · LXL04_024112|LXL04_024112|OH1004|cDNA

ATGACTTTCATGATAACTTCATTCATCCAATTCTTCATCTTCTCAATATCTAAGTTTTTCATGTACCCCCAACTCACTTTTTCCACTAATGACTCCAAAATTCAAGTTCAAAAGAAGACCCAAGATTCAAAATTCTCAAAAAGGTTGCCCTCATTTAGGTACAAAAGCCTCCAAAGAGATGAGGTAGAGATGGTGATGGGAAATTTGGGAATTTTCATTCCCAAAGGCGAAAAAATCCCAGAAAGATTGAGTTCTAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

510 bp · LXL04_024112|LXL04_024112|OH1004|CDS

ATGACTTTCATGATAACTTCATTCATCCAATTCTTCATCTTCTCAATATCTAAGTTTTTCATGTACCCCCAACTCACTTTTTCCACTAATGACTCCAAAATTCAAGTTCAAAAGAAGACCCAAGATTCAAAATTCTCAAAAAGGTTGCCCTCATTTAGGTACAAAAGCCTCCAAAGAGATGAGGTAGAGATGGTGATGGGAAATTTGGGAATTTTCATTCCCAAAGGCGAAAAAATCCCAGAAAGATTGAGTTCTAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

169 aa · LXL04_024112|LXL04_024112|OH1004|PROTEIN

MTFMITSFIQFFIFSISKFFMYPQLTFSTNDSKIQVQKKTQDSKFSKRLPSFRYKSLQRDEVEMVMGNLGIFIPKGEKIPERLSSNDLFNIFEKENPRLDEVKGAFDVFDENNDGFIDATELQRVFSALGLRDRAQMDDCKKMISVFDVNDDGRIDFDEFVTFMEGTFC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024112`
TK1151 ID	TkA06G177410
OH-1004 ID	LXL04_024112
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.600 / OH-1004 69.231 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024112

位置 Chr05:81300744-81301253 (-)

描述 Similar to CML46: Probable calcium-binding protein CML46

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39670`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g29000`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g05990`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g47480`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0228800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024112 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05990

ath:AT3G29000

ath:AT3G47480

ath:AT5G39670

dosa:Os12g0228800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.351

排名 1 · LXL04_024112 · OH-1004

细胞核0.298

排名 2 · LXL04_024112 · OH-1004

内质网0.202

排名 3 · LXL04_024112 · OH-1004

质体0.114

排名 4 · LXL04_024112 · OH-1004

细胞膜0.102

排名 5 · LXL04_024112 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23564.2EF-hand_FSTL193-168 aa

PF00036.39EF-hand_1101-128 aa

PF13499.13EF-hand_7101-164 aa

PF13405.13EF-hand_6102-130 aa

PF13202.13EF-hand_5105-125 aa

PF13833.13EF-hand_8115-165 aa

PF00036.39EF-hand_1139-165 aa

PF13202.13EF-hand_5143-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024112	`PF23564.2`	EF-hand_FSTL1	93	168	5.2e-06	27.6
LXL04_024112	`PF00036.39`	EF-hand_1	101	128	5.6e-15	54.4
LXL04_024112	`PF13499.13`	EF-hand_7	101	164	1e-13	52.1
LXL04_024112	`PF13405.13`	EF-hand_6	102	130	6e-12	44.9
LXL04_024112	`PF13202.13`	EF-hand_5	105	125	1.8e-12	46.8
LXL04_024112	`PF13833.13`	EF-hand_8	115	165	8e-07	29.4
LXL04_024112	`PF00036.39`	EF-hand_1	139	165	5.6e-15	54.4
LXL04_024112	`PF13202.13`	EF-hand_5	143	164	1.8e-12	46.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z27`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML46	40.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9MBG5`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML45	50.909%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LNE7`	拟南芥	Calmodulin-like protein 7	38.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN89`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML47	53.731%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QVI1`	水稻	Probable calcium-binding protein CML28	53.226%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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