LXL04_024105 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024105

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81200908-81201447 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

540 bp · LXL04_024105|LXL04_024105|OH1004|cDNA

ATGTCATCTTCTTCGGATCAGGAATTTGATCAGTCACTACGCGATTTCATCACATCATTTGTCAGAACCGCCTTCGCCACCGCTCCACCATCACAATATCACGACGGAGAAGAAGAAACCCTCGTCTTCACGTTTTATTCTAATCATCCAGGAAGTCTCGTGAAGGAGGGGCCGTTACCGGCGTCAAAAGCGGCAATCGAAGCCATTCCGTCGGTTACAGCGACGGAGGAAGAAGATTGTGCGATATGTTTGACGGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

540 bp · LXL04_024105|LXL04_024105|OH1004|CDS

ATGTCATCTTCTTCGGATCAGGAATTTGATCAGTCACTACGCGATTTCATCACATCATTTGTCAGAACCGCCTTCGCCACCGCTCCACCATCACAATATCACGACGGAGAAGAAGAAACCCTCGTCTTCACGTTTTATTCTAATCATCCAGGAAGTCTCGTGAAGGAGGGGCCGTTACCGGCGTCAAAAGCGGCAATCGAAGCCATTCCGTCGGTTACAGCGACGGAGGAAGAAGATTGTGCGATATGTTTGACGGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

179 aa · LXL04_024105|LXL04_024105|OH1004|PROTEIN

MSSSSDQEFDQSLRDFITSFVRTAFATAPPSQYHDGEEETLVFTFYSNHPGSLVKEGPLPASKAAIEAIPSVTATEEEDCAICLTDFSGSAGEAKELPCRHRYHSDCIMKWLGIHGSCPVCRYEMPLDEEEKRRRDDDAGEWWRVMITVTSRTPVTEAGQNSSDPLENSGSSTDMMDID

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024105`
TK1151 ID	TkA06G177320
OH-1004 ID	LXL04_024105
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.179 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024105

位置 Chr05:81200908-81201447 (+)

描述 Similar to MPSR1: E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26800`	参与蛋白质质量控制（PQC）应对蛋白毒性应激的E3泛素蛋白连接酶。	MPSR1 is a cytoplasmic PQC E3 ligase for eliminating emergent misfolded proteins in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1713574114
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At5g59550`	参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。	Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024105 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26800

ath:AT3G19950

ath:AT5G59550

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.653

排名 1 · LXL04_024105 · OH-1004

细胞核0.608

排名 2 · LXL04_024105 · OH-1004

线粒体0.042

排名 3 · LXL04_024105 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_024105 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 5 · LXL04_024105 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_279-122 aa

PF17123.12zf-RING_1179-108 aa

PF13923.13zf-C3HC4_280-121 aa

PF00097.32zf-C3HC480-121 aa

PF12678.14zf-rbx198-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024105	`PF13639.13`	zf-RING_2	79	122	1e-13	52.0
LXL04_024105	`PF17123.12`	zf-RING_11	79	108	9.5e-09	35.5
LXL04_024105	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	80	121	2.9e-08	34.1
LXL04_024105	`PF00097.32`	zf-C3HC4	80	121	1.1e-07	32.2
LXL04_024105	`PF12678.14`	zf-rbx1	98	122	8.2e-07	29.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQX2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1	52.222%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	38.835%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q940T5`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2	43.820%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AVN2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	46.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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