LXL04_023213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 27027230-27036676 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3522 bp · LXL04_023213|LXL04_023213|OH1004|cDNA

atgcctccgaaacgacgcggacgacccaccggaacaggcggtgccccaccagtctttgaccccgtggccatggaggccatgatagctgcAAGGGTAGCAGATgccctagtagcttacgaacttgcGAACCCTAGAAATGGCAacggtggcggcggtggtgccgggggtgcaggaggaaacggcggaaacccgaggccgtgttcctataaagacttcatgaactgcaagccccacaatttcgcgggaaccggaggtgtcat...

CDS

下载 CDS FASTA

3522 bp · LXL04_023213|LXL04_023213|OH1004|CDS

ATGCCTCCGAAACGACGCGGACGACCCACCGGAACAGGCGGTGCCCCACCAGTCTTTGACCCCGTGGCCATGGAGGCCATGATAGCTGCAAGGGTAGCAGATGCCCTAGTAGCTTACGAACTTGCGAACCCTAGAAATGGCAACGGTGGCGGCGGTGGTGCCGGGGGTGCAGGAGGAAACGGCGGAAACCCGAGGCCGTGTTCCTATAAAGACTTCATGAACTGCAAGCCCCACAATTTCGCGGGAACCGGAGGTGTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1173 aa · LXL04_023213|LXL04_023213|OH1004|PROTEIN

MPPKRRGRPTGTGGAPPVFDPVAMEAMIAARVADALVAYELANPRNGNGGGGGAGGAGGNGGNPRPCSYKDFMNCKPHNFAGTGGVIEMTRWFEKTESVFQISNCPVDSQWNTHVQTIGIVQANALTWGELKTMMIEEYCPRTELQKLEQELWNLAMQGSDITSYTNRFNELAALCPGMVTPMAKKIERYIWGLSSQIQNSVTAFNPLTYESVKSVAIRMTDQAVRNGTMVPKAEPSREQHKRKFWNSNNNNNSNSSNNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_023213`
位置	Chr05:27027230-27036676 (+)
描述	Similar to pol: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_023213` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006313 DNA transposition 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.659

排名 1 · LXL04_023213 · OH-1004

细胞核0.356

排名 2 · LXL04_023213 · OH-1004

线粒体0.093

排名 3 · LXL04_023213 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_023213 · OH-1004

内质网0.050

排名 5 · LXL04_023213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098.29zf-CCHC360-377 aa

PF08284.17RVP_2383-498 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1414-497 aa

PF00078.33RVT_1747-835 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2899-993 aa

PF17917.8RT_RNaseH926-1023 aa

PF17921.8Integrase_H2C21115-1168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023213	`PF00098.29`	zf-CCHC	360	377	3.9e-06	27.4
LXL04_023213	`PF08284.17`	RVP_2	383	498	5.8e-23	81.9
LXL04_023213	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	414	497	1.7e-09	38.8
LXL04_023213	`PF00078.33`	RVT_1	747	835	1.9e-21	77.6
LXL04_023213	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	899	993	1.1e-29	103.1
LXL04_023213	`PF17917.8`	RT_RNaseH	926	1023	5.3e-33	114.0
LXL04_023213	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1115	1168	5.6e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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