LXL04_023095 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023095

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 22982489-22985169 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1365 bp · LXL04_023095|LXL04_023095|OH1004|cDNA

ATGGGTTTACAGCAATCAAAGGACGAGCTATTGTATCAACAAGTCACTTATGGCAACTCTGAAGGCATTAAATCGCTTCGCAACGAAGGTGCTGGCCTTGAGTGGATGGATAAAGAAGGAAAGACTCCTCTCATATTGGCTTCCATGAGTCCACAGCTATATGACGTTGCAAAAACCCTAATAGAATTGGGTGCCAATGTGAACGCCTATCGTCCAGGTCGCCATGCTGGAACTCCTCTCCATCATGCTGCAAAAAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1365 bp · LXL04_023095|LXL04_023095|OH1004|CDS

ATGGGTTTACAGCAATCAAAGGACGAGCTATTGTATCAACAAGTCACTTATGGCAACTCTGAAGGCATTAAATCGCTTCGCAACGAAGGTGCTGGCCTTGAGTGGATGGATAAAGAAGGAAAGACTCCTCTCATATTGGCTTCCATGAGTCCACAGCTATATGACGTTGCAAAAACCCTAATAGAATTGGGTGCCAATGTGAACGCCTATCGTCCAGGTCGCCATGCTGGAACTCCTCTCCATCATGCTGCAAAAAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

454 aa · LXL04_023095|LXL04_023095|OH1004|PROTEIN

MGLQQSKDELLYQQVTYGNSEGIKSLRNEGAGLEWMDKEGKTPLILASMSPQLYDVAKTLIELGANVNAYRPGRHAGTPLHHAAKRGLEQMVKLLLSHDANALVMNDDCQTALDVARLKGYSNVVRAIENHICLFSGWLQELYGPGFLELLAPQLLSRKVWVVILPCGARKLTKPFKLELAIYSGLQDAKPRSLLPLWKVNMDEPNFNQPDPTVILSSSNIPRRWRRRRCIMHSQIRQSRIKLAPVNENEKQQLQRFCNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023095`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023095

位置 Chr05:22982489-22985169 (+)

描述 Similar to XBAT35: Putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23280`	当与E2酶UBC8在体外结合时，未观察到E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At4g14365`	当与E2酶UBC8在体外结合时，未观察到E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At4g35450`	对叶绿体外膜、线粒体外膜、内质网膜和过氧化物酶体蛋白表现出分子伴侣活性，通过招募含单个跨膜结构且与 AKR2A 结合序列（ABS）相关的特定蛋白，并随后结合存在于目标细胞器膜中的糖脂（例如单半乳糖二酰基甘油（MGDG）和磷脂酰甘油（PG））。	An ankyrin repeat-containing protein plays a role in both disease resistance and antioxidation metabolism.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01205.x AKR2A-mediated import of chloroplast outer membrane proteins is essential for chloroplast biogenesis.2008 · DOI: 10.1038/ncb1683 ANKYRIN REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2A is an essential molecular chaperone for peroxisomal membrane-bound ASCORBATE PEROXIDASE3 in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.065979
`At2g17390`	对叶绿体外膜、线粒体外膜、内质网膜和过氧化物酶体蛋白表现出分子伴侣活性，通过招募含单个跨膜结构且与 AKR2A 结合序列（ABS）相关的特定蛋白，并随后结合存在于目标细胞器膜中的糖脂（例如单半乳糖二酰基甘油（MGDG）和磷脂酰甘油（PG））。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0446100`	可能的E3泛素蛋白连接酶XBOS34。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023095 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23280

ath:AT4G14365

ath:AT4G35450

dosa:Os07g0446100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.448

排名 1 · LXL04_023095 · OH-1004

细胞核0.240

排名 2 · LXL04_023095 · OH-1004

细胞膜0.220

排名 3 · LXL04_023095 · OH-1004

溶酶体／液泡0.148

排名 4 · LXL04_023095 · OH-1004

高尔基体0.138

排名 5 · LXL04_023095 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_29-69 aa

PF13857.13Ank_560-116 aa

PF12796.14Ank_278-128 aa

PF00023.37Ank78-105 aa

PF13637.13Ank_480-125 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3400-448 aa

PF14447.13Prok-RING_4403-447 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023095	`PF12796.14`	Ank_2	9	69	4.3e-15	56.8
LXL04_023095	`PF13857.13`	Ank_5	60	116	6.8e-08	33.4
LXL04_023095	`PF12796.14`	Ank_2	78	128	4.3e-15	56.8
LXL04_023095	`PF00023.37`	Ank	78	105	1.3e-12	47.9
LXL04_023095	`PF13637.13`	Ank_4	80	125	1.6e-08	35.3
LXL04_023095	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	400	448	6.3e-13	49.0
LXL04_023095	`PF14447.13`	Prok-RING_4	403	447	1.8e-06	28.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q4FE47`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT35	54.812%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FPH0`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT34	53.106%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SAR5`	拟南芥	Ankyrin repeat domain-containing protein 2A	35.200%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q29Q26`	拟南芥	Ankyrin repeat domain-containing protein 2B	33.600%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XI08`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS34	45.558%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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