基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_022310
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 147945344-147948625
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2373 bp · LXL04_022310|LXL04_022310|OH1004|cDNA
ATGAATGTCACCATGAACAACATGAATTCCAATCATGGTGAAGACGATGGTGAAGATGGATTCCCAGCAGATTTTGAAGACTTTGATTGGGAAGATAATCGAGACATATTAGATTACAAATTAATGTGTACGGTCATAAACTCACCAGGAGGGCGACCTAAATTCTGGATACCAATAGTGAGAACACATGTTGAGATAGATAAAGAGCGTATTTTTGATACACTACAAGAAGGTCTTAATGCATACTATATATATGCAAA...
CDS
下载 CDS FASTA2373 bp · LXL04_022310|LXL04_022310|OH1004|CDS
ATGAATGTCACCATGAACAACATGAATTCCAATCATGGTGAAGACGATGGTGAAGATGGATTCCCAGCAGATTTTGAAGACTTTGATTGGGAAGATAATCGAGACATATTAGATTACAAATTAATGTGTACGGTCATAAACTCACCAGGAGGGCGACCTAAATTCTGGATACCAATAGTGAGAACACATGTTGAGATAGATAAAGAGCGTATTTTTGATACACTACAAGAAGGTCTTAATGCATACTATATATATGCAAA...
790 aa · LXL04_022310|LXL04_022310|OH1004|PROTEIN
MNVTMNNMNSNHGEDDGEDGFPADFEDFDWEDNRDILDYKLMCTVINSPGGRPKFWIPIVRTHVEIDKERIFDTLQEGLNAYYIYAKHAGFDTRLGSEKTKNDILQYKYVFCNRAGEAKKYNVDTSNGEKGKQKRKKASHMSKCPARICFKVLEDGSFRYGVNKLEEMHNHELYTNTTVHMAKHKRKLDFFDMTLINQLSQKNIGASKAHHMIGGIKEDNQGPKCSDYKNFSRDLNRYIEDTDANILVELMNLRKENVRD...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_022310 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_022310 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:147945344-147948625 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to FAR1: Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0007623 circadian rhythm 生物过程 GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程 GO:0009639 response to red or far red light 生物过程 GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程 GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程 GO:0010218 response to far red light 生物过程 GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G52520 ath:AT1G76320 ath:AT3G22170 ath:AT4G15090 ath:AT4G38180 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.936
细胞质0.134
线粒体0.020
细胞膜0.016
内质网0.009
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF03101.22FAR182-174 aaPF10551.16MULE293-369 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_022310 | PF03101.22 | FAR1 | 82 | 174 | 5.8e-08 | 34.1 |
| LXL04_022310 | PF10551.16 | MULE | 293 | 369 | 9.7e-16 | 58.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SWG3 | 拟南芥 | Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1 | 29.231% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SZL8 | 拟南芥 | Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5 | 25.496% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9LIE5 | 拟南芥 | Protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3 | 24.915% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q6NQJ7 | 拟南芥 | Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4 | 28.571% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SSQ4 | 拟南芥 | Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6 | 26.632% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |