LXL04_022221 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022221

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146393099-146395586 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1950 bp · LXL04_022221|LXL04_022221|OH1004|cDNA

atgtcggactcggtccgtggtccgaggtGTTTGATAGGAgagtttgatgtcggactcggtccgttgtccgtgCTGCATCAAATACTATTACTTTACAACCCCACGTCACCGCATCCAATTCACATGTATAAATGCCCCCTCCAAACCACCGATCATACGCCGCCTTCCCCCAACCGCCACCACTACCATTGCATTACCATTTTCATGGATCTCCGCCGCGGACTTCCTCCAAAACCTCCCTCCACCAGTCCCCTAATCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_022221|LXL04_022221|OH1004|CDS

ATGTCGGACTCGGTCCGTGGTCCGAGGTGTTTGATAGGAGAGTTTGATGTCGGACTCGGTCCGTTGTCCGTGCTGCATCAAATACTATTACTTTACAACCCCACGTCACCGCATCCAATTCACATGTATAAATGCCCCCTCCAAACCACCGATCATACGCCGCCTTCCCCCAACCGCCACCACTACCATTGCATTACCATTTTCATGGATCTCCGCCGCGGACTTCCTCCAAAACCTCCCTCCACCAGTCCCCTAATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_022221|LXL04_022221|OH1004|PROTEIN

MSDSVRGPRCLIGEFDVGLGPLSVLHQILLLYNPTSPHPIHMYKCPLQTTDHTPPSPNRHHYHCITIFMDLRRGLPPKPPSTSPLIRHRKTTFNNKNNRRSFSSNGTVVVNRSPSPIPKASDALPLPLYLTNGIFFSLFFCVAYFLLHRWRDKIRSSTPLHVVTLSEIAAIVSLIASFIYLLGFFGIDFVQSFIGSSRVDDDNFTLEDDVKHHSKPKPRTMNLLPTAVTFTSEKDEEIVKSVVSGSIPSYSLESKLGDCR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022221`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022221

位置 Chr04:146393099-146395586 (-)

描述 Similar to HMGR1: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76490`	催化甲羟戊酸的合成，甲羟戊酸是植物中存在的所有类异戊二烯化合物的特定前体。	Chemical phenotypes of the hmg1 and hmg2 mutants of Arabidopsis demonstrate the in-planta role of HMG-CoA reductase in triterpene biosynthesis.2007 · DOI: 10.1248/cpb.55.1518 Complete blockage of the mevalonate pathway results in male gametophyte lethality.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp073

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022221 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0015936 coenzyme A metabolic process 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0019287 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程

GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76490

nsy:104230282

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.310

排名 1 · LXL04_022221 · OH-1004

内质网0.252

排名 2 · LXL04_022221 · OH-1004

线粒体0.143

排名 3 · LXL04_022221 · OH-1004

细胞质0.111

排名 4 · LXL04_022221 · OH-1004

细胞核0.103

排名 5 · LXL04_022221 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00368.24HMG-CoA_red263-639 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022221	`PF00368.24`	HMG-CoA_red	263	639	4.7e-143	477.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P14891`	拟南芥	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase 1	72.391%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情