LXL04_021919 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021919

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 140242609-140246082 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1635 bp · LXL04_021919|LXL04_021919|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTGTAATCTCCGAGCTAGAAGGAACCCTTTTAAAGAACCACGATCCTTTCTCTTACTTCATGCTAGTAGCTTTCGAAGCCTCTGGCTTAATCCGTTTCGCATTCTTGCTACTTTTCTGGCCGATTATCAAACTACTCGATGCATGTGGGAAGCCTGACGTCGGCCTGAAATTATCCATCTTTCTTGCCACCGCCGGAGTTCCCATGTCGGAAATTGAATCGGTGGCGAGGGCAGTTCTACCCAAGTTTTACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · LXL04_021919|LXL04_021919|OH1004|CDS

ATGGAGTCTGTAATCTCCGAGCTAGAAGGAACCCTTTTAAAGAACCACGATCCTTTCTCTTACTTCATGCTAGTAGCTTTCGAAGCCTCTGGCTTAATCCGTTTCGCATTCTTGCTACTTTTCTGGCCGATTATCAAACTACTCGATGCATGTGGGAAGCCTGACGTCGGCCTGAAATTATCCATCTTTCTTGCCACCGCCGGAGTTCCCATGTCGGAAATTGAATCGGTGGCGAGGGCAGTTCTACCCAAGTTTTACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

544 aa · LXL04_021919|LXL04_021919|OH1004|PROTEIN

MESVISELEGTLLKNHDPFSYFMLVAFEASGLIRFAFLLLFWPIIKLLDACGKPDVGLKLSIFLATAGVPMSEIESVARAVLPKFYFDDLDLEAWRVLNLGDRRVVVTKMPRVMVERFVKEHLRADEVIGTELVVSRFGFATGLVQDGGFDSSVCDRVEAMFEGQQPCLGIGKCSSGSSFLNLCKEQVSAPYIIKDQKRRTHQEIRPVPVIFHDGRLVKRPTPSTALLIILWIPLGVVLAIIRIMVGVVLPMWAIPYTAC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021919`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021919

位置 Chr04:140242609-140246082 (+)

描述 Similar to GPAT5: Glycerol-3-phosphate acyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11430`	将酰基-ACP 的酰基酯化至甘油-3-磷酸的 sn-1 位，这是甘油脂生物合成中的重要步骤。	暂无已核实直接文献
`At5g06090`	将酰基-ACP 的酰基酯化至甘油-3-磷酸的 sn-1 位，这是甘油脂生物合成中的重要步骤。	暂无已核实直接文献
`At2g38110`	将酰基-ACP 的酰基酯化至甘油-3-磷酸的 sn-2 位，这是角质生物合成中的一个步骤。	A distinct type of glycerol-3-phosphate acyltransferase with sn-2 preference and phosphatase activity producing 2-monoacylglycerol.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914149107

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0016024 CDP-diacylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程

GO:0046486 glycerolipid metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004366 glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity 分子功能

GO:0016791 phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38110

ath:AT3G11430

ath:AT5G06090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.277

排名 1 · LXL04_021919 · OH-1004

质体0.171

排名 2 · LXL04_021919 · OH-1004

高尔基体0.169

排名 3 · LXL04_021919 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 4 · LXL04_021919 · OH-1004

细胞质0.106

排名 5 · LXL04_021919 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23270.2HAD_RAM2_N3-188 aa

PF12710.14HAD8-138 aa

PF01553.27Acyltransferase280-381 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021919	`PF23270.2`	HAD_RAM2_N	3	188	8e-59	199.2
LXL04_021919	`PF12710.14`	HAD	8	138	4.1e-08	34.6
LXL04_021919	`PF01553.27`	Acyltransferase	280	381	3e-07	31.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAY3`	拟南芥	Glycerol-3-phosphate acyltransferase 5	72.222%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LHS7`	拟南芥	Glycerol-3-phosphate acyltransferase 7	72.428%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80437`	拟南芥	Glycerol-3-phosphate 2-O-acyltransferase 6	49.478%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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