LXL04_019616 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019616

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 35465968-35469240 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2175 bp · LXL04_019616|LXL04_019616|OH1004|cDNA

ATGGTGCAGTACAACTTCAAGAAGATCACTCGGGTCCCAACGGGAAAGGACTTTGTCGACATCGTCCTGAGCAGAACCCAAAGACAAACACCAACAGTCGTCCACAAAGGCTACGCGATAAACCGAATCCGGCAGTTCTATATGCGCAAGGTGAAGTTCACTCAAACAAATTTTCACGAAAAGCTCTCCACAATCATCGACGAGTTCCCTAGACTCGACGACATCCATCCTTTCTACGGCGACCTTCTCCACGTCCTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2175 bp · LXL04_019616|LXL04_019616|OH1004|CDS

ATGGTGCAGTACAACTTCAAGAAGATCACTCGGGTCCCAACGGGAAAGGACTTTGTCGACATCGTCCTGAGCAGAACCCAAAGACAAACACCAACAGTCGTCCACAAAGGCTACGCGATAAACCGAATCCGGCAGTTCTATATGCGCAAGGTGAAGTTCACTCAAACAAATTTTCACGAAAAGCTCTCCACAATCATCGACGAGTTCCCTAGACTCGACGACATCCATCCTTTCTACGGCGACCTTCTCCACGTCCTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

724 aa · LXL04_019616|LXL04_019616|OH1004|PROTEIN

MVQYNFKKITRVPTGKDFVDIVLSRTQRQTPTVVHKGYAINRIRQFYMRKVKFTQTNFHEKLSTIIDEFPRLDDIHPFYGDLLHVLYNKDHYKLALGQINTARNLIGKIAKDYVKLLKYGDSLYRCKALKVAALGRMCTVTKRIGPSLAYLEQIRQHMARLPSIDPNTRTILICGYPNVGKSSFINKITRADVDVQPYAFTTKSLFVGHTDYKYLRYQVIDTPGILDRPFEDRNIIEMCSITALAHLRAAVLFFLDISGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019616`
TK1151 ID	TkA05G069250
OH-1004 ID	LXL04_019616
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 91.989 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019616

位置 Chr04:35465968-35469240 (-)

描述 Similar to At1g50920: Nucleolar GTP-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50920`	参与60S核糖体亚基的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010972 negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0022408 negative regulation of cell-cell adhesion 生物过程

GO:0030336 negative regulation of cell migration 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50920

ddi:DDB_G0285465

hsa:23560

mmu:69237

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.895

排名 1 · LXL04_019616 · OH-1004

细胞质0.152

排名 2 · LXL04_019616 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_019616 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_019616 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_019616 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17835.7NOG1_N6-165 aa

PF02421.25FeoB_N170-319 aa

PF01926.30MMR_HSR1171-290 aa

PF06858.21NOG1236-292 aa

PF08155.17NOGCT409-462 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019616	`PF17835.7`	NOG1_N	6	165	1e-59	202.0
LXL04_019616	`PF02421.25`	FeoB_N	170	319	1.7e-11	44.6
LXL04_019616	`PF01926.30`	MMR_HSR1	171	290	1.3e-18	67.9
LXL04_019616	`PF06858.21`	NOG1	236	292	1.4e-24	86.3
LXL04_019616	`PF08155.17`	NOGCT	409	462	6.4e-27	94.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6I8`	拟南芥	Nucleolar GTP-binding protein 1	76.583%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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