LXL04_019525 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019525

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 32947606-32954668 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2796 bp · LXL04_019525|LXL04_019525|OH1004|cDNA

ATGCCAGGCATCGACAATGTCGCTGATAGACTTGAGGGGTGTGGAAATGCCGTGATCTTGGAGCAAGAGAACTTGGTCACCGGGTGTTCGACGATATGCCAAAACCAAACTACCAGCCAAAGAAACAATTGTTATGGGATCAATTGTTGCCAGATCTCGATCCCTTACTATCTTAAATCATACAACATCGATACTACAGGCTTGCAACTGCCGACTACGGGTGGAGTTTATGGGTCTGCCTTTCTGGTGGATGAACAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2796 bp · LXL04_019525|LXL04_019525|OH1004|CDS

ATGCCAGGCATCGACAATGTCGCTGATAGACTTGAGGGGTGTGGAAATGCCGTGATCTTGGAGCAAGAGAACTTGGTCACCGGGTGTTCGACGATATGCCAAAACCAAACTACCAGCCAAAGAAACAATTGTTATGGGATCAATTGTTGCCAGATCTCGATCCCTTACTATCTTAAATCATACAACATCGATACTACAGGCTTGCAACTGCCGACTACGGGTGGAGTTTATGGGTCTGCCTTTCTGGTGGATGAACAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

931 aa · LXL04_019525|LXL04_019525|OH1004|PROTEIN

MPGIDNVADRLEGCGNAVILEQENLVTGCSTICQNQTTSQRNNCYGINCCQISIPYYLKSYNIDTTGLQLPTTGGVYGSAFLVDEQRYSASRSSAQSAIVDNSFVPISLRWTLRQEEIGEKDCCSRERESLFLGNAVDECATCIGGCRLNGTGNITCVPTPASGKSSPIGVILEGEGMAVFDRRIVEEGGRGEAMAVAELAVRCLNLNGKNRPTLKEMAAELERIRNMSVTVTMKFLQLYLVMLISLASGATSAPIYARP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019525`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019525

位置 Chr04:32947606-32954668 (-)

描述 Similar to WAKL1: Wall-associated receptor kinase-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16120`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g16260`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g79670`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	RESISTANCE TO FUSARIUM OXYSPORUM 1, a dominant Arabidopsis disease-resistance gene, is not race specific.2005 · DOI: 10.1534/genetics.105.042218
`At1g16130`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g79680`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019525 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004383 guanylate cyclase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16120

ath:AT1G16130

ath:AT1G16260

ath:AT1G79670

ath:AT1G79680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.843

排名 1 · LXL04_019525 · OH-1004

细胞质0.090

排名 2 · LXL04_019525 · OH-1004

内质网0.072

排名 3 · LXL04_019525 · OH-1004

细胞核0.045

排名 4 · LXL04_019525 · OH-1004

溶酶体／液泡0.036

排名 5 · LXL04_019525 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947.12GUB_WAK_bind262-318 aa

PF08488.17WAK389-460 aa

PF00069.32Pkinase617-883 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr620-885 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019525	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	262	318	6.5e-09	36.8
LXL04_019525	`PF08488.17`	WAK	389	460	7.1e-13	49.6
LXL04_019525	`PF00069.32`	Pkinase	617	883	1.1e-47	163.3
LXL04_019525	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	620	885	1.8e-47	162.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9M5`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 1	46.515%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SA25`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 8	45.588%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RY17`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 22	44.460%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7X8C5`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 2	45.649%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYA3`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 10	44.604%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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