LXL04_019513 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019513

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 32791904-32794710 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_019513|LXL04_019513|OH1004|cDNA

ATGCCGATGAAGTTGCTGCGTTTGACAATCGATAAAGCAGCAATTAGCATTTTCAGTGTGGGGAATTTACATGACAGGTTGACTATCAAATTTGCTGCAAATTATTTCCCCATCTACCCAACAAGTTGCAAGTGCAACAATGGATGGACAGCCAGAAATTCTGATGCTCAGCCTATGGAGAAACACAAGCGTGATAGTCTTTACACAGACAAGCAAGGGAAATTAAGAAAATTTAATCATAAAAAAGTCTCAAGAAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_019513|LXL04_019513|OH1004|CDS

ATGCCGATGAAGTTGCTGCGTTTGACAATCGATAAAGCAGCAATTAGCATTTTCAGTGTGGGGAATTTACATGACAGGTTGACTATCAAATTTGCTGCAAATTATTTCCCCATCTACCCAACAAGTTGCAAGTGCAACAATGGATGGACAGCCAGAAATTCTGATGCTCAGCCTATGGAGAAACACAAGCGTGATAGTCTTTACACAGACAAGCAAGGGAAATTAAGAAAATTTAATCATAAAAAAGTCTCAAGAAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · LXL04_019513|LXL04_019513|OH1004|PROTEIN

MPMKLLRLTIDKAAISIFSVGNLHDRLTIKFAANYFPIYPTSCKCNNGWTARNSDAQPMEKHKRDSLYTDKQGKLRKFNHKKVSRKRGGSLRGQGWKYGSGFVDGIFPVLSPDAQQILNFMKRETDVNRVWDALSSLPPTHTTWDDIISVAVQLRLNKKWDPIILMCEWMLYRSSFQADIICYNLLIDAFGQKSSFEKAESTYFNLLEARCIPTEDTYALLLRSYCTAGLLEKAEAVFMEMKKYGLSPSAVVYNAYIDGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019513`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019513

位置 Chr04:32791904-32794710 (-)

描述 Similar to At2g35130: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35130`	含五肽重复序列的蛋白At2g35130。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At5g39980`	含五聚肽重复的蛋白At5g39980，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At2g18940`	含五肽重复序列蛋白 At2g18940，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g16640`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g16640，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019513 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G35130

ath:AT5G02860

ath:AT5G39980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.700

排名 1 · LXL04_019513 · OH-1004

线粒体0.187

排名 2 · LXL04_019513 · OH-1004

细胞核0.064

排名 3 · LXL04_019513 · OH-1004

细胞质0.023

排名 4 · LXL04_019513 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_019513 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2179-226 aa

PF29070.1MSC6_N185-274 aa

PF12854.14PPR_1211-242 aa

PF13041.13PPR_2217-253 aa

PF01535.27PPR217-246 aa

PF13812.13PPR_3217-257 aa

PF13041.13PPR_2248-295 aa

PF01535.27PPR251-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019513	`PF13041.13`	PPR_2	179	226	2.8e-80	265.0
LXL04_019513	`PF29070.1`	MSC6_N	185	274	2e-32	113.5
LXL04_019513	`PF12854.14`	PPR_1	211	242	1.7e-50	169.2
LXL04_019513	`PF13041.13`	PPR_2	217	253	2.8e-80	265.0
LXL04_019513	`PF01535.27`	PPR	217	246	5.9e-66	214.9
LXL04_019513	`PF13812.13`	PPR_3	217	257	1.9e-61	204.8
LXL04_019513	`PF13041.13`	PPR_2	248	295	2.8e-80	265.0
LXL04_019513	`PF01535.27`	PPR	251	280	5.9e-66	214.9
LXL04_019513	`PF13812.13`	PPR_3	253	297	1.9e-61	204.8
LXL04_019513	`PF29070.1`	MSC6_N	254	350	2e-32	113.5
LXL04_019513	`PF17177.11`	PPR_long	264	372	1.7e-29	103.4
LXL04_019513	`PF13041.13`	PPR_2	302	337	2.8e-80	265.0
LXL04_019513	`PF29070.1`	MSC6_N	302	371	2e-32	113.5
LXL04_019513	`PF13812.13`	PPR_3	305	335	1.9e-61	204.8
LXL04_019513	`PF13812.13`	PPR_3	311	370	1.9e-61	204.8
LXL04_019513	`PF12854.14`	PPR_1	321	350	1.7e-50	169.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82178`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35130	62.692%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	24.834%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FLD8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39980, chloroplastic	22.535%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64624`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18940, chloroplastic	25.957%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMD3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640, mitochondrial	25.208%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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