LXL04_019411 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019411

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 30709385-30711401 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1692 bp · LXL04_019411|LXL04_019411|OH1004|cDNA

ATGGAATCTTCGGCAAAATCAGCAGATGAAGTGGTGGAACAGATAATGAGAATTCACAGATCTCTTCCTCCAAGACCTGGAATTGAAGATGTTGAAGGTGCACAAATACTGATCCGAAATGCAGATAGCGAACTTCAGTCACGTCTGGAGTCCATTTCTAacctaaaaaaacaaaaaggCGTTCCTGACGAACTATTCAATGTGTTGGTAGAGATGCAAAAGCATTTAGCCAATTTCCACGCCATGGAACAAAAGAGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · LXL04_019411|LXL04_019411|OH1004|CDS

ATGGAATCTTCGGCAAAATCAGCAGATGAAGTGGTGGAACAGATAATGAGAATTCACAGATCTCTTCCTCCAAGACCTGGAATTGAAGATGTTGAAGGTGCACAAATACTGATCCGAAATGCAGATAGCGAACTTCAGTCACGTCTGGAGTCCATTTCTAACCTAAAAAAACAAAAAGGCGTTCCTGACGAACTATTCAATGTGTTGGTAGAGATGCAAAAGCATTTAGCCAATTTCCACGCCATGGAACAAAAGAGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · LXL04_019411|LXL04_019411|OH1004|PROTEIN

MESSAKSADEVVEQIMRIHRSLPPRPGIEDVEGAQILIRNADSELQSRLESISNLKKQKGVPDELFNVLVEMQKHLANFHAMEQKREAIKLLDLENYHILFDEMIQRASKCVVPNGSDNNNNNTQSVSSMPITLSPLTTPASYSGVNLTASSANTVKTSNLFTRDDSYVNKLESTTFGDGIRRVMRSSDTSSRPMIVDSTLKPVITSGQDGDKLTLIKLASLIEVSSKKGAKDLDLCNKLMDQIEWLPDSIGKLSTLITL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019411`
TK1151 ID	TkA05G049820
OH-1004 ID	LXL04_019411
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019411

位置 Chr04:30709385-30711401 (-)

描述 Similar to PIRL4: Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35470`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At2g17440`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At3g26500`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0511700`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os10g0572300`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019411 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17440

ath:AT3G26500

ath:AT4G35470

dosa:Os08g0511700

dosa:Os10g0572300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.382

排名 1 · LXL04_019411 · OH-1004

细胞质0.313

排名 2 · LXL04_019411 · OH-1004

细胞核0.252

排名 3 · LXL04_019411 · OH-1004

高尔基体0.081

排名 4 · LXL04_019411 · OH-1004

溶酶体／液泡0.077

排名 5 · LXL04_019411 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_8235-290 aa

PF23598.2LRR_14243-287 aa

PF12799.14LRR_4256-294 aa

PF13855.13LRR_8279-336 aa

PF23598.2LRR_14283-331 aa

PF12799.14LRR_4302-336 aa

PF23598.2LRR_14320-435 aa

PF13855.13LRR_8325-382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	235	290	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF23598.2`	LRR_14	243	287	3.3e-36	125.5
LXL04_019411	`PF12799.14`	LRR_4	256	294	1.2e-25	89.7
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	279	336	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF23598.2`	LRR_14	283	331	3.3e-36	125.5
LXL04_019411	`PF12799.14`	LRR_4	302	336	1.2e-25	89.7
LXL04_019411	`PF23598.2`	LRR_14	320	435	3.3e-36	125.5
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	325	382	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF12799.14`	LRR_4	325	363	1.2e-25	89.7
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	390	428	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	394	449	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF12799.14`	LRR_4	394	431	1.2e-25	89.7
LXL04_019411	`PF13855.13`	LRR_8	440	499	6.6e-30	103.4
LXL04_019411	`PF23598.2`	LRR_14	453	496	3.3e-36	125.5
LXL04_019411	`PF12799.14`	LRR_4	465	498	1.2e-25	89.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVW8`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4	58.140%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5G5E0`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5	56.410%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LRV8`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 2	39.919%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z8P4`	水稻	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4	51.681%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S7M7`	水稻	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5	45.115%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情