LXL04_018326 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018326

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 11711844-11713552 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1188 bp · LXL04_018326|LXL04_018326|OH1004|cDNA

ATGGCGGACGCTAGCGGAGGCTACACTGAGTTTCCGGCGGTGCCGACTCACGGAGGTCAGTTTATCCGCTATAACATCTTCGGTAATGAATTTGAGATCACCAACAAGTATCGTCCTCCAATCATGCCTATTGGTCGTGGTGCTTATGGAATCGTCTGCTCGATGTTGAACTCCGAGACGAACGAGATGGTTGCTGTGAAGAAGATTGCAAATGCTTTCGATAATTACATGGACGCTAAGCGGACGCTTCGCGAGATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · LXL04_018326|LXL04_018326|OH1004|CDS

ATGGCGGACGCTAGCGGAGGCTACACTGAGTTTCCGGCGGTGCCGACTCACGGAGGTCAGTTTATCCGCTATAACATCTTCGGTAATGAATTTGAGATCACCAACAAGTATCGTCCTCCAATCATGCCTATTGGTCGTGGTGCTTATGGAATCGTCTGCTCGATGTTGAACTCCGAGACGAACGAGATGGTTGCTGTGAAGAAGATTGCAAATGCTTTCGATAATTACATGGACGCTAAGCGGACGCTTCGCGAGATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · LXL04_018326|LXL04_018326|OH1004|PROTEIN

MADASGGYTEFPAVPTHGGQFIRYNIFGNEFEITNKYRPPIMPIGRGAYGIVCSMLNSETNEMVAVKKIANAFDNYMDAKRTLREIKLLRHLDHENASPSSQSYLLFVKTITPYIWLIMIQIIAIKDIIPPPLRREFSDVYITTELMDTDLHQIIRSNQNLSEEHCQYFLYQLLRGLKYIHSANVIHRDLKPSNLLLNANCDLKICDFGLARTSAENDFMTEYVVTRWYRAPELLLNSSDYTVAIDVWSVGCIFMELMNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018326`
TK1151 ID	TkA08G054950
OH-1004 ID	LXL04_018326
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 58.734 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018326

位置 Chr04:11711844-11713552 (+)

描述 Similar to MPK3: Mitogen-activated protein kinase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45640`	参与氧化应激介导的信号级联。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a RNA interference-based (RNAi) suppression of AtMPK6, an Arabidopsis mitogen-activated protein kinase, results in hypersensitivity to ozone and misregulation of AtMPK3.2005 · DOI: 10.1016/j.envpol.2005.04.017 Stomatal development and patterning are regulated by environmentally responsive mitogen-activated protein kinases in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048298 Dual control of nuclear EIN3 by bifurcate MAPK cascades in C2H4 signalling.2008 · DOI: 10.1038/nature06543 A fungal-responsive MAPK cascade regulates phytoalexin biosynthesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711301105 The Arabidopsis protein kinase Pto-interacting 1-4 is a common target of the oxidative signal-inducible 1 and mitogen-activated protein kinases.2011 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08033.x Arabidopsis MKK4 mediates osmotic-stress response via its regulation of MPK3 activity.2011 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2011.07.064 A MAPK cascade downstream of ERECTA receptor-like protein kinase regulates Arabidopsis inflorescence architecture by promoting localized cell proliferation.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104695 Arabidopsis LIP5, a positive regulator of multivesicular body biogenesis, is a critical target of pathogen-responsive MAPK cascade in plant basal defense.2014 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1004243 The BASL polarity protein controls a MAPK signaling feedback loop in asymmetric cell division.2015 · DOI: 10.1016/j.devcel.2015.02.022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0154500`	参与鞘脂激发子依赖性防御信号通路。	A sphingolipid elicitor-inducible mitogen-activated protein kinase is regulated by the small GTPase OsRac1 and heterotrimeric G-protein in rice 1[w].2005 · DOI: 10.1104/pp.104.057414 OsDMI3-mediated activation of OsMPK1 regulates the activities of antioxidant enzymes in abscisic acid signalling in rice.2014 · DOI: 10.1111/pce.12154

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018326 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45640

cann:107873437

dosa:Os06g0154500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.617

排名 1 · LXL04_018326 · OH-1004

细胞核0.569

排名 2 · LXL04_018326 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_018326 · OH-1004

线粒体0.050

排名 4 · LXL04_018326 · OH-1004

内质网0.032

排名 5 · LXL04_018326 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase43-349 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr44-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018326	`PF00069.32`	Pkinase	43	349	3.8e-66	223.9
LXL04_018326	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	44	260	3.6e-28	99.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39023`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 3	76.203%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84UI5`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 1	72.251%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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