LXL04_017222 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017222

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 143953867-143960602 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2927 bp · LXL04_017222|LXL04_017222|OH1004|cDNA

ATAAAAGAAATCAACCAATGACTTCCAGTTCAATTGGTTCGAGGTACCGGGTTATAGTCTTGCGTGGGGCAAAGGTCAGGGGTTCGATCCCCGGCTGGAGCAACATGTGGGGATTTTCCCCAGAACGTGCAAGCCAGGTAAGAGGTCGCATGCGTATCCGTGAAGCCCCTATAATGGGAAACTGGGTGGAGCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTCCAGGACTCGAACCTGGGTCCTTCGGGACAAAGCGCACGGGCGACCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2910 bp · LXL04_017222|LXL04_017222|OH1004|CDS

ATGACTTCCAGTTCAATTGGTTCGAGGTACCGGGTTATAGTCTTGCGTGGGGCAAAGGTCAGGGGTTCGATCCCCGGCTGGAGCAACATGTGGGGATTTTCCCCAGAACGTGCAAGCCAGGTAAGAGGTCGCATGCGTATCCGTGAAGCCCCTATAATGGGAAACTGGGTGGAGCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTCCAGGACTCGAACCTGGGTCCTTCGGGACAAAGCGCACGGGCGACCATTCGGGATCCGCTGCGCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

969 aa · LXL04_017222|LXL04_017222|OH1004|PROTEIN

MTSSSIGSRYRVIVLRGAKVRGSIPGWSNMWGFSPERASQVRGRMRIREAPIMGNWVERCGVVCFQDSNLGPSGQSARATIRDPLRCLAVQKKKDKRNQNLFFKTHTHLLAIPPRVSTHSLKFQFDRSISIPMGDEPMTPSTSQQQQPPPQTNANAAPLGHNVIPIVNKLQDIFAQLGSSSTVELPQVAVVGSQSSGKSSVLEALVGRDFLPRGSDICTRRPLVLQLLQIKRKPDGTDEEYGEFLHVPGKRFHDFNEIRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017222`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017222

位置 Chr03:143953867-143960602 (-)

描述 Similar to DRP3A: Dynamin-related protein 3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33650`	参与线粒体和过氧化物酶体分裂和形态的控制。	ADL2a, like ADL2b, is involved in the control of higher plant mitochondrial morphology.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh073 Arabidopsis dynamin-like protein 2a (ADL2a), like ADL2b, is involved in plant mitochondrial division.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch024 Arabidopsis PEROXIN11c-e, FISSION1b, and DYNAMIN-RELATED PROTEIN3A cooperate in cell cycle-associated replication of peroxisomes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.057679 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x
`At2g14120`	参与线粒体和过氧化物酶体分裂和形态的控制。	ADL2a, like ADL2b, is involved in the control of higher plant mitochondrial morphology.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh073 Arabidopsis dynamin-like protein 2a (ADL2a), like ADL2b, is involved in plant mitochondrial division.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch024 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017222 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000001 mitochondrion inheritance 生物过程

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010637 negative regulation of mitochondrial fusion 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0015886 heme transport 生物过程

GO:0016050 vesicle organization 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14120

ath:AT4G33650

hsa:10059

mmu:74006

sce:YLL001W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.345

排名 1 · LXL04_017222 · OH-1004

过氧化物酶体0.186

排名 2 · LXL04_017222 · OH-1004

细胞核0.174

排名 3 · LXL04_017222 · OH-1004

线粒体0.151

排名 4 · LXL04_017222 · OH-1004

质体0.105

排名 5 · LXL04_017222 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00350.30Dynamin_N188-368 aa

PF01031.26Dynamin_M376-663 aa

PF02212.24GED793-883 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017222	`PF00350.30`	Dynamin_N	188	368	6.9e-55	186.3
LXL04_017222	`PF01031.26`	Dynamin_M	376	663	4.2e-103	345.2
LXL04_017222	`PF02212.24`	GED	793	883	5.4e-27	94.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S944`	拟南芥	Dynamin-related protein 3A	74.497%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LFT2`	拟南芥	Dynamin-related protein 3B	71.503%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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