LXL04_016830 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016830

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 135192048-135194302 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_016830|LXL04_016830|OH1004|cDNA

ATGATGAAGGGCGTGATTATGGCCGTCATGCAAGCAGAACAACTTATGCTTGACGGTAACCTGTGGTTCTTGAAGAACAGATTCGATGCCGCCATCGAAGCTTATACGGAGGCTATCACGCTGTGCCCTGATGTCGCGAACTACTGGACCAGTCGAGCTTTATGCCATCGCAAGCGCAAGTACCGATTGGATAAGAGTTTGAGGAGGACTGTAAAAAAGCTGTTCAACTTGATCATAATTCTGTCAAGgaaaaaaaaaag...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_016830|LXL04_016830|OH1004|CDS

ATGATGAAGGGCGTGATTATGGCCGTCATGCAAGCAGAACAACTTATGCTTGACGGTAACCTGTGGTTCTTGAAGAACAGATTCGATGCCGCCATCGAAGCTTATACGGAGGCTATCACGCTGTGCCCTGATGTCGCGAACTACTGGACCAGTCGAGCTTTATGCCATCGCAAGCGCAAGTACCGATTGGATAAGAGTTTGAGGAGGACTGTAAAAAAGCTGTTCAACTTGATCATAATTCTGTCAAGGAAAAAAAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_016830|LXL04_016830|OH1004|PROTEIN

MMKGVIMAVMQAEQLMLDGNLWFLKNRFDAAIEAYTEAITLCPDVANYWTSRALCHRKRKYRLDKSLRRTVKKLFNLIIILSRKKKSKKAHYMLGLALIHRKNYPEGIKALEKSLDLARGAHPHSYMVEEIWQELARAKYQQWEQDSIQRSWDLQNLKSDIEIAILEYHSHVEGFTDEITDSVSRKLQALNSVFSKASQSDTPTEIPDYLCCRITLDIFCDPVIAPSGLTYERAVILKHLHKVGMFDPITRQPLDPSQLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016830`
TK1151 ID	TkA02G099660
OH-1004 ID	LXL04_016830
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.647 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016830

位置 Chr03:135192048-135194302 (+)

描述 Similar to CHIP: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07370`	具有 E3 泛素蛋白连接酶活性，可能针对错误折叠的底物进行蛋白酶体降解。	AtCHIP, a U-box-containing E3 ubiquitin ligase, plays a critical role in temperature stress tolerance in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.020800 AtCHIP functions as an E3 ubiquitin ligase of protein phosphatase 2A subunits and alters plant response to abscisic acid treatment.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02730.x The chloroplast protease subunit ClpP4 is a substrate of the E3 ligase AtCHIP and plays an important role in chloroplast function.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02963.x The E3 ligase AtCHIP ubiquitylates FtsH1, a component of the chloroplast FtsH protease, and affects protein degradation in chloroplasts.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03239.x Heat shock protein cognate 70-4 and an E3 ubiquitin ligase, CHIP, mediate plastid-destined precursor degradation through the ubiquitin-26S proteasome system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071548

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016830 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000165 MAPK cascade 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0002931 response to ischemia 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07370

gga:426918

hsa:10273

mmu:56424

rno:287155

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · LXL04_016830 · OH-1004

细胞核0.486

排名 2 · LXL04_016830 · OH-1004

线粒体0.062

排名 3 · LXL04_016830 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 4 · LXL04_016830 · OH-1004

过氧化物酶体0.041

排名 5 · LXL04_016830 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00515.35TPR_115-44 aa

PF13414.13TPR_1119-54 aa

PF07719.24TPR_289-119 aa

PF04564.22U-box206-278 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016830	`PF00515.35`	TPR_1	15	44	5.2e-12	45.7
LXL04_016830	`PF13414.13`	TPR_11	19	54	1.7e-06	28.3
LXL04_016830	`PF07719.24`	TPR_2	89	119	1.7e-10	40.8
LXL04_016830	`PF04564.22`	U-box	206	278	2.4e-26	92.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRS9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase CHIP	52.083%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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