LXL04_014533 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014533

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 51906586-51907249 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

441 bp · LXL04_014533|LXL04_014533|OH1004|cDNA

ATGGCATTCTACAACAAAGTTGGAAGCCTTATGAGGCAAACTATCTCTCAAACCACAATTTCCAGTGGAAACGTGACAGGATCATCTATGTTTAATGCCTTTCGCGCCATGTCTACAAAACTCTTTATTGGTGGTCTTTCTTATCAAACCGATGATCACTCCTTAAAGGAAGCGTTTTCTGGCTTTGGGGAAGTCGTTGAAGCTAGAGTAATAACCGACAGAGAATCCGGAAGATCTAGGGGATTTGGGTTTGTCAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

441 bp · LXL04_014533|LXL04_014533|OH1004|CDS

ATGGCATTCTACAACAAAGTTGGAAGCCTTATGAGGCAAACTATCTCTCAAACCACAATTTCCAGTGGAAACGTGACAGGATCATCTATGTTTAATGCCTTTCGCGCCATGTCTACAAAACTCTTTATTGGTGGTCTTTCTTATCAAACCGATGATCACTCCTTAAAGGAAGCGTTTTCTGGCTTTGGGGAAGTCGTTGAAGCTAGAGTAATAACCGACAGAGAATCCGGAAGATCTAGGGGATTTGGGTTTGTCAACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

146 aa · LXL04_014533|LXL04_014533|OH1004|PROTEIN

MAFYNKVGSLMRQTISQTTISSGNVTGSSMFNAFRAMSTKLFIGGLSYQTDDHSLKEAFSGFGEVVEARVITDRESGRSRGFGFVNYTSDDCAKEAMAAMDGQELNGRSIRVSFATERAPRTGGFSGGGGGYNRNYGDAEAGNERF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014533`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014533

位置 Chr03:51906586-51907249 (-)

描述 Similar to RBG2: Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13850`	促进若干线粒体 RNA（包括 NAD5 转录本）的顺式剪接和编辑。	暂无已核实直接文献
`At3g23830`	可能在应激期间的 RNA 转录或加工中发挥作用。	Characterization of transgenic Arabidopsis plants overexpressing GR-RBP4 under high salinity, dehydration, or cold stress.2005 · DOI: 10.1093/jxb/eri298
`At5g61030`	可能在应激期间的RNA转录或加工中具有作用（通过相似性）。	Two RNA recognition motif-containing proteins are plant mitochondrial editing factors.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv245
`At1g74230`	可能在应激期间的RNA转录或加工中具有作用（通过相似性）。	RNA Recognition Motif-Containing Protein ORRM4 Broadly Affects Mitochondrial RNA Editing and Impacts Plant Development and Flowering.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01280
`At5g47320`	在RPS19中发现的RNA结合结构域可能功能上替代缺失的线粒体RPS13。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006858 extracellular transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0050658 RNA transport 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74230

ath:AT3G23830

ath:AT4G13850

ath:AT5G47320

ath:AT5G61030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.879

排名 1 · LXL04_014533 · OH-1004

质体0.096

排名 2 · LXL04_014533 · OH-1004

细胞质0.079

排名 3 · LXL04_014533 · OH-1004

细胞核0.056

排名 4 · LXL04_014533 · OH-1004

细胞外0.035

排名 5 · LXL04_014533 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_141-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014533	`PF00076.29`	RRM_1	41	111	4.9e-23	81.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVM8`	拟南芥	Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial	60.163%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LIS2`	拟南芥	Glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial	59.677%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNR1`	拟南芥	Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial	48.739%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C909`	拟南芥	Glycine-rich RNA-binding protein 5, mitochondrial	55.085%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P39697`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS19m	52.991%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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